原文:Global Alignment(全局比對)--從算法(Needleman-Wunsch)到python實現

很早就知道有全局比對和局部比對這兩種比對方法,都是用到的動態規划的思想,知道一些罰分矩陣的概念,但一直都沒有機會搞透徹,一些算法的細節也不太清楚,也沒有親手編程實現。 現在由於項目需求,需要手動寫一個簡單的全局和局部比對的程序,同時得知團隊里有個大牛早就用Perl實現了,看了一下他的代碼也才 行,於是我打算從頭開始全面的弄懂算法的每一個細節,然后再用python實現一遍。 ...

2016-11-10 12:45 0 3709 推薦指數:

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Needleman-Wunsch算法Python代碼實現

Needleman-Wunsch算法是基於動態規划算法的序列比對算法。 生信課上學的算法,課下閑來無事,用Python實現一下。 ...

Tue Oct 17 01:56:00 CST 2017 0 1749
利用NeedlemanWunsch算法進行DNA序列全局比對

生物信息學原理作業第二彈:利用NeedlemanWunsch算法進行DNA序列全局比對。 具體原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用NeedlemanWunsch算法進行DNA序列全局 ...

Mon Nov 27 21:32:00 CST 2017 1 4261
文本比較算法Needleman/Wunsch算法

本文介紹基於最長公共子序列的文本比較算法——Needleman/Wunsch算法。還是以實例說明:字符串A=kitten,字符串B=sitting那他們的最長公共子序列為ittn(注:最長公共子序列不需要連續出現,但一定是出現的順序一致),最長公共子序列長度為4。 和LD算法 ...

Tue Sep 16 01:05:00 CST 2014 0 3277
字符串與模式匹配算法(六):NeedlemanWunsch算法

一、Needleman-Wunsch 算法   尼德曼-翁施算法(英語:Needleman-Wunsch Algorithm)是基於生物信息學的知識來匹配蛋白序列或者DNA序列的算法。這是將動態算法應用於生物序列的比較的最早期的幾個實例之一。該算法是由 Saul B. Needlman ...

Wed Nov 20 06:52:00 CST 2019 0 347
Python 全局變量 global

Python 全局變量 局部變量就是定義在一個函數體內部的變量全局變量是定義在外面的變量 引用全局變量 輸出結果: 修改全局變量的值 下面的代碼,在f()中修改a,此時a為新的同名變量,是一個局部變量 ...

Sun Jan 23 17:33:00 CST 2022 0 4501
python global提升全局變量

記錄自己的一些理解,如有不對的地方請多多指出,一起學習。 def fun():   global b   b = 100   print(b) fun() print(b) 這里的函數里變量b使用global提升為全局變量所以外部能引用到。這里有個注意點就是必須先運行函數fun ...

Sat Mar 09 06:38:00 CST 2019 0 1123
 
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