統計 fasta 文件序列長度及 GC 含量
注：該腳本適用於序列不斷開的情況 可用一下命令將折行的序列合並為一行 運行腳本 升級版，輸入文件是 fasta 格式即可。用 Bio 中的 Seq.IO 解析 fasta 文件， 用 python 的內置函數 count() 的計算速度更快。 ...
原文：perl練習——FASTA格式文件中序列GC含量計算&perl數組排序如何獲得下標或者鍵
一 關於程序： FUN：計算FASTA文件中每條序列中G和C的含量百分比，輸出最大值及其id INPUT：FASTA格式文件 gt seq CGCCGAGCGCTTGACCTCCAGCAAGACGCCGTCTGGCACATGCAACGAGCTGTAGCAGAC gt seq ATGCCTAGAACGTTCGAGACTTCTCGGGTGCGGTAGAATTAGCCATTCGACCGACTTCCA G ...
2016-07-04 17:01 0 3958 推薦指數：
相關推薦
perl快速獲得數字在數組中的排序
某些情況下，有一個已經排好序的數組，如果要獲得一個數字在這個數組中的順序，用遍歷的方法會比較慢，如下是一個快速獲取位置的函數，會返回:在這個數組中，有多少個值比給定的值要小。 ...
fasta文件中序列的排序
同樣的名為read_1.fa 的fasta文件，里面有若干序列，如： > ...
Perl FASTA文件拆分合並
1、合並並轉化一代測序seq純文本為fasta格式文件 2、合並文件夾下的純文本文件 3、批量序列拼接 use strict; use warnings; open T, "<T_a.fas"; open R, "<R_a.fas ...
NumPy：數組批量計算
一、MumPy：數組計算 1、NumPy是高性能科學計算和數據分析的基礎包。它是pandas等其他各種工具的基礎。2、NumPy的主要功能： ndarray，一個多維數組結構，高效且節省空間 無需循環對整組數據進行快速運算的數學函數 *讀寫磁盤數據的工具以及用於 ...
[譯]Perl中的數組
原文:http://perl5maven.com/perl-arrays 在本篇Perl教程中,我們將會學習Perl中的數組.本文只是對Perl中的數組進行了一下概述,在以后的文章中,我們還會更加詳細的講解. 在Perl中,數組類型的變量名稱以@符號開頭. 因為我們堅決要求在自己的代碼 ...
Ceph中的容量計算與管理
轉自：https://www.ustack.com/blog/ceph%ef%bc%8drongliang/ 在部署完Ceph集群之后，一般地我們可以通過Ceph df這個命令來查看集群的容量狀態，但是Ceph是如何計算和管理的呢？相信大家都比較好奇。因為用過 ceph df ...
fasta與fastq格式文件解讀
1、FASTA文件的格式 在生物信息學中，FASTA格式（又稱為Pearson格式）是一種基於文本的、用於表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在這種格式中鹼基對或氨基酸用單個字母來表示，且允許在序列前添加序列名及注釋。 FASTA文件以序列表示和序列作為一個基本單元，各行記錄信息如下： 第一 ...