原文:samtools flags 的含義

對於雙端比對的數據,生成的BAM文件中,R 端序列和R 端序列的標識符是一樣的,之前一直不知道如何根據bam文件區分哪條序列是R 端,哪條序列是R 端,昨天仔細研究了一下,原來代表R 端和R 端的信息都存儲在flag中,即bam文件的第二列 在bam文件格式中定義了各種flag代表的意思 : 代表這個序列采用的是PE雙端測序 : 代表這個序列和參考序列完全匹配,沒有插入缺失 : 代表這個序列沒有m ...

2016-04-27 10:19 0 6047 推薦指數:

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flags

1. flags可以幫助我們通過命令行來動態的更改代碼中的參數 test_absl.py : 命令行: output: 命令行: output: ...

Sat Nov 27 01:52:00 CST 2021 1 103
samtools 的使用

主要介紹一下 SAMtools 的用法。它被譽為 NGS 里面的 瑞士軍刀,功能很是強大,所以值得好好學習一番。 文檔參考 總站 samtools-mannual github-samtools 標准流程 推薦: blog SAMtools: Primer ...

Wed Sep 23 09:43:00 CST 2015 0 2096
samtools idxstats

有很多種格式來記錄mapping的結果,大多數都收錄在UCSC的幫助文檔中。在mapping之后,如何對mapping的結果進行評估呢? 最簡單的,就是通過samtools來評估mapping質量了。 samtools idxstats aln.sorted.bam 注意,這一步之前需要 ...

Thu Jul 16 19:19:00 CST 2015 0 1976
[SAMtools] 常用指令總結

源自:http://sanwen.net/a/hirxmpo.html samtools是一系列處理bam和sam格式文件的應用程序集合,具有眾多的功能。 首先呢,bam和sam文件主要是bwa、bowtie、tophat等序列比對工具產生的,這些軟件我們后面會談到。 軟件下載安裝: 地址 ...

Thu May 04 17:40:00 CST 2017 0 10837
tensorflow API _ 2 (tf.app.flags.FLAGS)

tf.app.flags.FLAGS 的使用,主要是在用命令行執行程序時,需要傳些參數,代碼如下:新建一個名為:app_flags.py 的文件。 #coding:utf-8 import tensorflow as tf FLAGS = tf.app.flags.FLAGS ...

Tue Apr 24 16:55:00 CST 2018 0 1251
samtools的用法簡介

1.SAM(sequence Alignment/mapping)數據格式是目前高通量測序中存放比對數據的標准格式,當然他可以用於存放未比對的數據 2.AMTools的主要功能如下: vi ...

Tue Aug 29 17:57:00 CST 2017 0 2273
samtools 安裝使用

官網: https://github.com/samtools/samtools https://github.com/samtools/samtools/releases https://github.com/samtools/samtools/blob/develop/INSTALL ...

Sun Aug 30 05:10:00 CST 2020 0 1779
samtools軟件作用

samtools的說明文檔:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一個用於操作sam和bam文件的工具合集,包含有許多命令。以下是常用命令的介紹: view命令的主要功能: 將sam文件轉換成bam文件 ...

Fri Jul 20 04:07:00 CST 2018 0 941
 
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