原文:vsearch 去除重復序列和singleton 序列

在 S數據分析中,為了減少聚類的時間,提高准確度,需要去除重復序列,而singleton序列因為沒有其他的序列作為驗證,可信度不是很高,也需要去除,通常情況下使用usearch 完成這 項任務,但是usearch 位是收費的,而 為的usearch 在 位的red hat 上測試時,去除重復序列時報錯了,libgomp: Thread creation failed: Resource tempo ...

2016-04-20 14:44 0 2018 推薦指數:

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LeetCode——不同字符的最小子序列/去除重復字母

Q:返回字符串 text 中按字典序排列最小的子序列,該子序列包含 text 中所有不同字符一次。 示例 1: 輸入:"cdadabcc" 輸出:"adbc" 示例 2: 輸入:"abcd" 輸出:"abcd" 示例 3: 輸入:"ecbacba" 輸出:"eacb" 示例 4: 輸入 ...

Sat Apr 18 20:53:00 CST 2020 0 992
cd-hit 去除冗余序列

最近一篇NG中使用到的軟件,用來去除冗余的contigs,現簡單記錄。 CD-HIT早先是一個蛋白聚類的軟件,其主要的特定就是快!(ps:不是所有快的都是好的) 其去除冗余序列的大概思路就是: 首先對所有序列長度進行排序,從最長的開始,形成一個序列類,然后依次對序列進行處理 ...

Fri Jan 22 23:02:00 CST 2021 0 437
28、cd-hit去除冗余序列

://www.bioinformatics.org/cd-hit/ CD-HIT 去冗余,也可以叫做相似序列的聚類。 簡介 ...

Thu Aug 24 00:10:00 CST 2017 0 2349
REPuter注釋葉綠體重復序列

REPuter可注釋葉綠體重復序列,包括4種類型,Forward(F), Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在線注釋, 詳情可戳參考文獻、 Robert* REPuter: The Manifold ...

Mon Jan 25 21:08:00 CST 2021 0 612
最長連續不重復序列

給定一個長度為n的整數序列,請找出最長的不包含重復數字的連續子序列,輸出它的長度。 輸入格式 第一行包含整數n。 第二行包含n個整數(均在0~100000范圍內),表示整數序列。 輸出格式 共一行,包含一個整數,表示最長的不包含重復數字的連續子序列的長度。 數據范圍 1& ...

Tue Jul 09 00:58:00 CST 2019 0 971
jmeter中生成不重復序列

用 “分段鏈接法”,進行,如下: 1、在一個 csv文件中存入一列不重復的數字,1-1000,或者是多個幾位數,如下:(個人習慣:這個一般放在測計划下面,讓整個線程組可以共享) 幾點說明:(1)這個 filename,這里寫的是 csv文件放置的相對腳本jmx文件的相對路徑 ...

Fri Aug 07 01:04:00 CST 2020 0 527
Python序列刪除重復數據

## 對於列表來說,若不保持原有順序,可以直接轉換為set刪除重復數據 ## 刪除數據並保持原有順序 參考資料:   Python Cookbook, 3rd edition, by David Beazley and Brian K. Jones (O ...

Thu Jul 19 02:53:00 CST 2018 0 3922
重復隨機序列生成算法

最近編程時遇到一個問題:有一組對象,要求隨機地訪問其中每一個對象,並且每個對象只訪問一次。如果我們將訪問順序轉換為一組整數序列,那么這就是一個關於“非重復隨機序列生成算法”的問題。 本文將探討這個問題的多種解法,並給出一個非常高效的算法。 【問題描述】:有一個自然數N,希望得到一個整型 ...

Mon May 14 19:07:00 CST 2012 7 13573
 
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