REPuter可注釋葉綠體重復序列，包括4種類型，Forward（F）, Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。
REPuter 是可在線注釋， 詳情可戳參考文獻、 Robert* REPuter: The Manifold Applications of Repeat Analysis on a Genomic Scale
其中重復序列的4種類型如下所示
1 示例文件操作
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進入網站后，點擊Submission, 而后使用示例文件example即可，點擊Next
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選擇預測重復序列類型即，如果使用Hamming distance 則 $\color{red}{Edit distance}$ 不用選即可
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直接點擊Start 即可
2 結果顯示
運行結束后，會得到如下頁面，其中interactive viewer 重復序列圖片顯示，但是我們可以點擊Download就會得到最終注釋的文件。
最終的重復序列文件如下所示
# 235 -3 8 /var/bibiserv2/a
11 41 R 11 41 0 3.70e-03
13 51 C 13 148 -1 9.03e-03
15 37 R 15 41 -2 1.37e-02
15 149 R 15 149 -2 1.37e-02
10 150 R 10 150 0 1.48e-02
10 181 R 10 181 0 1.48e-02
14 145 R 14 150 -2 4.74e-02
16 47 P 16 153 -3 5.47e-02
...
第一行 235: 序列長度， 后面的-3，8 分別為maximum allowed distance， minimum repeat size
下面每一列的分別為：
- 重復第一部分序列長度
- 重復第一部分起始位置
- 重復類型
- 重復第二部分序列長度
- 重復第二部分起始位置
- 重復距離
- E-value
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