原文:bedtools 的安裝與使用

安裝 bedtools 提供了 種安裝方式 從google code 下載源代碼進行安裝 利用系統中的包管理工具進行安裝, 比如cnetos 下的yum, ubuntu下的apt get, mac 下的homebrew 從github下載源代碼,進行安裝 由於訪問不了google code,又想編譯安裝,就從github上下載最新版:https: github.com arq x bedtool ...

2015-12-16 17:52 0 7976 推薦指數:

查看詳情

pybedtools:在Python中使用BEDTools

I have a Python, I have a BEDTools. Ah,pybedtools! 前言 pybedtools 是采用 Python 對BEDTools 軟件的封裝和擴展。為啥要用pybedtools ,而不是直接使用BEDTools 呢? 當然是我們想在 ...

Tue Jan 04 00:46:00 CST 2022 0 1863
bedtools 用法大全

原文:https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言: bedtools等工具號稱是可以代替普通的生物信息學數據處理工程師的!我這里用一個專題來講解它的用法,其實它能實現的需求,我們寫腳本都是可以做的,而且我強烈建議正在學編程 ...

Sat Sep 28 18:57:00 CST 2019 0 781
Bedtools genomecov 計算覆蓋度

簡單說明: 從2.28.0版開始,bedtools使用htslib庫支持CRAM格式 除了BAM文件,bedtools默認所有的輸入文件都以TAB鍵分割 除非使用-sorted選項,bedtools默認不支持大於512M的染色體 如果沒有使用-sorted參數對染色體按編碼順序 ...

Sat Jan 09 19:14:00 CST 2021 0 1029
bedtools神器 | gtf轉bed | bed文件運算

我們生信技能書有一篇介紹bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用。 bedtools 用法大全 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf轉bed用Linux命令完全可以實現,因為gtf每一行比較規律,不像fasta和fastq ...

Sun Mar 25 12:16:00 CST 2018 0 3738
bedtools 定量表達:coverage 統計 reads 數(加-sorted參數)

最近做定量表達,使用了命令如下: bedtools coverage -a all.bed -b file.sort.bam > file.coverage.txt 使用以上命令正常定量,但更多時候會出現Bus error或者Killed的報錯;能不能正常運行,很大程度上取決於系統的資源 ...

Tue Feb 15 05:12:00 CST 2022 0 1473
linux安裝五之wget安裝使用

linux上使用wget下載文件 首次安裝的centos操作系統是沒有安裝wget的,所以首先需要先安裝wget,然后才能使用wget下載文件。 1、第一步,保證centos能正常連網。使用命令 :yum -y install wget 如下圖,稍等一會即可安裝 ...

Thu Dec 16 18:01:00 CST 2021 0 178
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM