bedtools 定量表達：coverage 統計 reads 數（加-sorted參數）

最近做定量表達，使用了命令如下：

bedtools coverage -a all.bed -b file.sort.bam > file.coverage.txt

使用以上命令正常定量，但更多時候會出現Bus error或者Killed的報錯；能不能正常運行，很大程度上取決於系統的資源。

后來，經老師提醒，我可以加個-sorted參數，如下所示：

bedtools coverage -sorted -a all.bed -b file.sort.bam > file.coverage.txt

加完-sorted參數后，運行賊快，一天就跑完了2650000 + 次運算。不加-sorted參數的話，大概要一周的時間才能運算完；

對了，需要注意的是，加-sorted參數的前提是bam和bed文件需要先sort；