原文:RNA-seq 數據的簡單分析

主要介紹如何分析RNA seq 數據 參考文檔 Wikipedia RNA seq paper: RNA Seq: a revolutionary tool for transcriptomics TopHat Cufflinks CummeRbund TopHat: discovering splice junctions with RNA Seq TopHat paper Nature Pr ...

2015-10-08 20:56 0 11048 推薦指數:

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簡單理解RNA-seq

簡單理解RNA-seq 劉小澤 已關注 2018.10.17 23:51* 字數 1518 閱讀 46評論 0喜歡 3 今天就當一個小故事看吧,看了statQuest,感覺講的很棒,於是分享給大家原版視頻后台回復 ...

Sat Oct 20 04:27:00 CST 2018 1 1989
RNA-seq表達數據之樣本PCA分析

Principal component analysis (PCA) 分析 主成分分析(PCA)幫助我們歸納總結和可視化數據集中的信息,這些數據包含由多個相互關聯的變量描述的個體 / 觀察主成分分析。 可以將每個變量視為不同的維度。 但如果您的數據集中有3個以上的變量,那么很難在多維超空間可視化 ...

Wed Nov 27 03:24:00 CST 2019 0 1509
ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 數據分析流程

補充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,雖然可以完成任務,但是數據量一多,批次多起來,就非常難管理。 既然別人提供了這么好的流程,那就要用起來,管理起來不是一般的輕松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安裝比較麻煩,沒有針對local的一鍵安裝 ...

Tue Dec 10 17:57:00 CST 2019 0 1272
RNA-seq(9):功能富集分析

這部分開始進行基本的富集分析,兩類 A:差異基因富集分析(不需要表達值,只需要gene name) B: 基因集(gene set)富集分析(不管有無差異,需要全部genes表達值 ...

Sat Dec 15 19:18:00 CST 2018 0 1543
RNA-Seq分析——KEGG富集分析

入學到現在已經有小半年了,最近正好在做RNA-Seq分析,記錄一下自己的成長軌跡。 以下是我用clusterProfiler對擬南芥的差異表達基因做的kegg富集分析: # 載入需要的R包 library(clusterProfiler) # 載入我用edgeR得到的差異表達 ...

Wed Dec 18 05:58:00 CST 2019 0 1512
RNA-seq簡單處理流程

RNA_seq pipline RNA_seq pipline PeRl 2018年3月7日 首先說明一下我做RNA-seq處理流程的文件樹格式: RNA-seq/ data ...

Sun Mar 11 02:27:00 CST 2018 0 2961
Bulk RNA-seq 轉錄組分析

Reference : https://cloud.tencent.com/developer/article/1703051 https://blog.csdn.net/weixin_44452 ...

Fri Nov 06 22:52:00 CST 2020 0 714
 
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