原文:samtools 的使用

主要介紹一下 SAMtools 的用法。它被譽為 NGS 里面的 瑞士軍刀,功能很是強大,所以值得好好學習一番。 文檔參考 總站 samtools mannual github samtools 標准流程 推薦: blog SAMtools: Primer Tutorial 安裝 由於 samtools 與 htslib , bcftools 經常結合使用,因此,最好一次就把這三個一起安裝好,屆 ...

2015-09-23 01:43 0 2096 推薦指數:

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samtools 安裝使用

官網: https://github.com/samtools/samtools https://github.com/samtools/samtools/releases https://github.com/samtools/samtools/blob/develop/INSTALL ...

Sun Aug 30 05:10:00 CST 2020 0 1779
samtools 使用簡述

功能如下: 1、View   主要功能講sam文件轉位bam文件。 涉及的參數:   -b 輸出bam格式。。默認是sam文件   -h 輸出的sam文件帶header。。默認不 ...

Fri Aug 03 05:59:00 CST 2018 0 2743
samtools和bcftools使用說明

轉自:http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html samtools是一個用於操作sam和bam文件的工具合集。包含有許多命令。以下是常用命令的介紹 1. view view命令的主要功能是:將sam文件轉換成bam文件;然后對bam文件進行 ...

Tue May 16 02:31:00 CST 2017 0 5153
linux下bwa和samtools的安裝與使用

bwa的安裝流程安裝本軟體總共需要完成以下兩個軟體的安裝工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安裝a.下載BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安裝BWA ...

Fri Mar 06 03:06:00 CST 2015 0 12620
SAMTOOLS使用 SAM BAM文件處理

【怪毛匠子 整理】 samtools學習及使用范例,以及官方文檔詳解 #第一步:把sam文件轉換成bam文件,我們得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM ...

Thu Dec 27 17:35:00 CST 2018 0 6697
SAM格式 及 比對工具之 samtools 使用方法

參考資料: SAMtools(官網) SAM Spec v1.4 (SAM格式 說明書) (重要) samtools-1.3.1 使用手冊 (SAMtools軟件說明書) samtools常用命令詳解(博客園) SAM格式定義(博耘生物) samtools使用 ...

Tue Jun 21 21:47:00 CST 2016 0 6887
samtools idxstats

有很多種格式來記錄mapping的結果,大多數都收錄在UCSC的幫助文檔中。在mapping之后,如何對mapping的結果進行評估呢? 最簡單的,就是通過samtools來評估mapping質量了。 samtools idxstats aln.sorted.bam 注意,這一步之前需要 ...

Thu Jul 16 19:19:00 CST 2015 0 1976
samtools flags 的含義

對於雙端比對的數據,生成的BAM文件中,R1端序列和R2端序列的標識符是一樣的,之前一直不知道如何根據bam文件區分哪條序列是R1端,哪條序列是R2端,昨天仔細研究了一下,原來代表R1端和R2端的信息 ...

Wed Apr 27 18:19:00 CST 2016 0 6047
 
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