原文:VCF (Variant Call Format)格式詳解

VCF文件示例 VCFv . CHROM:表示變異位點是在哪個contig 里call出來的,如果是人類全基因組的話那就是chr chr ,chrX,Y,M。 POS:變異位點相對於參考基因組所在的位置,如果是indel,就是第一個鹼基所在的位置。 ID: 如果call出來的SNP存在於dbSNP數據庫里,就會顯示相應的dbSNP里的rs編號。 REF和REF:在這個變異位點處,參考基因組中所對應 ...

2015-06-08 21:55 0 21694 推薦指數:

查看詳情

vcf格式


...

Wed Jan 04 03:51:00 CST 2017 0 4768
VCF和GVCF格式說明

注意:本文的內容主要來自於GATK官網的講解,所以vcf也是GATK產生的,用其他caller,比如varscan2產生的vcf文件的內容注釋可能不一致。 參考:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/1268 ...

Tue Jun 05 18:05:00 CST 2018 0 1325
VCF格式說明

VCF是用於描述SNP,INDEL和SV結果的文件,下面所記錄的是以GATK軟件結果的VCF文件,與SAMtools的結果有點不同 VCF文件可以分為兩部分看,最上面#號注釋的的部分是對一些參數的解釋(看英文能懂的話,下面的解釋就不用看了),而下面沒#號注釋的部分則是各個參數對應的具體的值 ...

Tue Jan 07 18:33:00 CST 2020 0 797
BMP文件格式詳解(BMP file format

BMP文件格式,又稱為Bitmap(位圖),或是DIB(Device-Independent Device,設備無關圖),是windows系統中廣泛使用的圖片文件格式,由於它可以不作任何變換地址保存圖像像素域的數據,因為稱為我們取得RAW數據的重要來源。Windows的圖像用戶界面也在他的內建圖像 ...

Tue Oct 08 22:21:00 CST 2019 0 500
Hive:ORC File Format存儲格式詳解

一、定義   ORC File,它的全名是Optimized Row Columnar (ORC) file,其實就是對RCFile做了一些優化。 據官方文檔介紹,這種文件格式可以提供一種高效的方法來存儲Hive數據。它的設計目標是來克服Hive其他格式的缺陷。 運用ORC File可以提高 ...

Thu Jul 05 01:26:00 CST 2018 0 2608
Nginx日志格式log_format詳解

PS:Nginx日志相關指令主要有兩條,一條是log_format,用來設置日志格式,另外一條是access_log,用來指定日志文件的存放路徑、類型、緩存大小等,一般放在Nginx的默認主配置文件/etc/nginx/nginx.conf ...

Thu Sep 27 20:01:00 CST 2018 0 4556
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM