使用 FUMA 鑒定 Independent SNPs 和 Lead SNPs
一、Independent significant SNPs 和 Lead SNPs 定義 Independent significant SNPs： P 值小於 5e-8 的 SNP 位點，且 SNP 位點之間的 r2<0.6（注意，這里的 r2 指的是 LD 的 r2 值，不是相關性 ...
原文：SNPs & MAF
SNPs，全稱是single nucleotide polymorphisms，SNPs等位基因頻率的容易估計。采用混和樣本估算等位基因的頻率是種高效快速的策略。該策略的原理是：首先選擇參考樣本制作標准曲線，然后將待測的混和樣本與標准曲線進行比較，根據所得信號的比例確定混和樣本中各種等位基因的頻率。 SNPs概念 在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。即：在不同個體的同一條染 ...
2013-11-24 16:09 0 4493 推薦指數：
相關推薦
名詞解釋 | Lead SNPs | credible SNPs | Polygenicity | Discoverability
GWAS catalog里面的snp可以稱作reported SNP lead SNPs 就是曼哈頓圖里每根柱子最頂上的那個SNP 考慮LD的話，就是從每個loci 里面，選出P最小的點 Lead SNPs做了fine mapping后就得到了causal SNPs ...
snpEFF注釋的vcf文件轉化成maf文件
利用一個perl語言寫的工具：snpeffTomaf 一行代碼即可實現非常方便 github地址鏈接：https://github.com/tsy19900929/snpeffToMaf 將此倉庫 ...
【.Net平台下插件開發】-MEF與MAF初步調研
背景 Team希望開發一個插件的平台去讓某搜索引擎變得更好。主要用於采集一些不滿意信息（DSAT）給Dev。這些信息會由不同的team提供不同的tool分析。有的提供僅僅是一個website，有 ...
什么是側翼區(flanking region)和側翼區單核苷酸多態性(Flanking SNPs)
側翼區(flanking region) 根據維基定義：The 5' flanking region is a region of DNA that is adjacent to the 5' en ...
[C#] IpcChannel雙向通信，參考MAF的AddInProcess開發插件，服務斷開重新打開及服務生存周期管理
就直接殺掉進程，首先考慮的是現成的MAF，於是有了下面的代碼： 僅僅一個接口就需要建這么多個項 ...