fai示例： Sc0000003 2774837 10024730 60 61 Sc0000004 2768176 12845826 ...

概述：tophat是以bowtie2為核心的一款比對軟件。 tophat工作分兩步： 1.將reads用bowtie比對到參考基因組上。 2.將unmapped-reads打斷成更小的fragments，比對到參考基因組上，如果比對成功，建立剪切點。 用法：tophat ...

BED 文件格式 BED 文件格式是一個可變方式的數據線，用來描述注釋的數據。BED線有3個要求的字段和9個額外的字段。每條線的字段數目必須是任意單條數據的在注釋上一致。可選字段的序試結合低數字的字段必須流行如果高位字段被使用。 首先是三個要求的BED字段 chrom ...

bed文件（browse extensive data）以及gff文件（general fearture format） bed文件 第一列是染色體或者contig信息。 第二列是起始位置，從0開始。 第三列是終止位置。 第四列是bed列的名字。 第五列是score。 第六列是鏈方向 ...

1）BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一個格式 ,提供了一種靈活的方式來定義的數據行，以用來描述注釋信息。BED行有3個必須的列和9個額外可選的列。每行的數據格式要求一致(見下圖)。 每條線的字段 ...

安裝 TopHat2 下載最新預編譯版本 解壓 加入 PATH 即可 測試 應該就看到各種信息，包括版本，基本用法等，這樣 tophat2 就算安裝完成了。 ...

我們生信技能書有一篇介紹bedtools的文章，可以在微信里搜着看下，非常有用。 bedtools 用法大全 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf轉bed用Linux命令完全可以實現，因為gtf每一行比較規律，不像fasta和fastq ...

Cole Trapnell said： there are three strategies:1) merge bams and assemble in a single run of Cuffl ...