fMRI數據處理


產生的一系列文件中:

https://www.bilibili.com/video/BV1U5411s7kg?p=3   嚴老師視頻

(1)頭動矯正  其中FD_Jenkinson最好

 

 下面這個是很早以前用來排除被試的,現在不用了,現在都用meanFD排除

 

 HeadMotion.tsv: 顯示最大或平均頭動,mean FD,...一般使用 mean FD后面做統計分析

 

(2)Reonent Fun和Reonent T1用於質量控制,調整位置到前聯合(空間的原點)     自己可以打分

 

 

 (3)AutoMask

有的被試被掃的面積沒有覆蓋到全腦,用來檢驗蓋住的多少,

 (4)T1 DICOM to NIFTI:

dicom的結構像轉成nifti

(5)Bet: 結構像和功能像配准之前去除頭皮干擾

 

 具體步驟:先bet去除頭皮干擾,然后結構像去配准功能像,后再應用到之前未去頭皮的結構像,再去segment分割(帶着頭皮分割效果好,bet也有可能損傷)

 

 (6)T1 Coreg Fun:結構像配到功能像空間

 

(7)segment:把大腦的結構像分割成灰質、白質和腦脊液,是老的segment不用

用new segment+DARTEL:  36min

segment生成的結果:

 

 

(8)Nuisance Covariates Regression:去除噪聲

         Polynomial trend:1 去除線性漂移

         Head Motion model: 用Friston 24 做頭動矯正

          。。。

 

(9)Normalize 空間配准

        意義:將很多被試者的大腦配到一個標准的模板上面,才能對相同的東西進行比較,如pcc

       方法:1.EPI模板 2.T1先對T1分割成白質灰質腦脊液,再用到功能圖像上去 3.DARTEL:用的最多

                   45min DARTEL:基於分割結果,基於100個被試的group  ,,再把這個模板配到MNI空間    費時。。

       smooth:提高配准效果    注:計算reho、degree前不要用smooth!

       Default mask:基於腦內的體素進行

 

至此,所有的預處理步驟選擇完畢!!!  (只進行預處理的話,下面所有的一切全都不用選了)

 

數據分析:

 


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