摘自:https://mp.weixin.qq.com/s/qFQC7ZQJWGou9wD9WkziAQ
本文繼續介紹lammps基本操作命令。
在lammps模擬中,所有的原子處在一個封閉的空間內,這個空間稱為盒子(box)。
創建box有兩種方法,一是在lammps中使用create_box命令創建,另外一種是讀取data文件,此時,會默認創建一個box。
有些時候,在box已經建好的情況下,可能會需要改變box的尺寸。
如在摩擦模擬中,工件模型已經單獨建模並弛豫完成,需要在工件的上方添加一個刀具。
在沉積模擬中,需要在工件上方增加一個真空層。
這些情況,可以使用change_box命令動態的改變box的尺寸。
change_box改變box尺寸有三種方式:絕對尺寸、增量尺寸、比例尺寸,下面詳細介紹這三種方式。
(1)絕對尺寸
change_box可一步到位,直接設定box在xyz各方向上的新尺寸。
命令格式為:
change_box all x|y|z final lo hi
例如,將x方向box尺寸改為(0,100):
change_box all x final 0 100 units box
(2)增量尺寸
有些時候,我們只想改變box某一側的尺寸,這時候可設置在某個方向上增大(或減小)一定的尺寸。
命令格式為:
change_box all x|y|z delta dlo dhi
delta表示增量,dlo表示在該軸負方向的尺寸增量,dhi表示該軸正方向尺寸增量。
例如,在z軸正方向增加50埃米:
change_box all z delta 0 50 units box
(3)比例尺寸
box的尺寸也可以按照一定的比例進行縮放。
change_box all x|y|z scale factor
scale為縮放關鍵字,factor為縮放比例,volume表示體積是否變化。
下句命令表示:x方向擴大為原尺寸的1.1倍,z方向尺寸相應的縮小以保證體積不變
change_box all x scale 1.1 z volume
x方向擴大為1.1倍,y和z方向相應的縮小,保證體積不變:
change_box all x scale 1.1 y volume z volume
x和y方向均多大為1.1倍,z方向縮小,保證體積不變
change_box all x scale 1.1 z volume y scale 1.1 z volume
下面是change_box的一個案例in文件,初始模型尺寸為30*10*10(晶格單位),在z方向增加真空層,box尺寸擴大為:30*10*20。
units metal
boundary p p p
atom_style atomic
lattice fcc 3.61
region box block 0 30 0 10 0 10
create_box 1 box
create_atoms 1 box
mass 1 64
write_data cu1.data
change_box all z delta 0 5
write_data cu2.data
增加真空層后的效果為:
change_box是一個比較實用的命令,除了能夠改變box的尺寸,也可以改變box的周期性,具體可查官網手冊說明。
公眾號定期分享lammps命令和模擬技巧,感謝分享和關注^_^。