在進行基因定位時,有時候需要擴增某個基因的全長,查看基因在兩個極端池中的突變位點,以及判斷基因是否為目的基因。此時,我們需要擴增出基因的全長
因此,需要在5’端UTR和3‘端UTR區域設計引物。
以甘藍為例,在TO1000數據庫網站(http://plants.ensembl.org/Brassica_oleracea/Info/Index)或者02-12數據庫網站(http://brassicadb.cn/#/)下載該基因及其前后500bp序列
TO1000:
BRAD(02-12)
在Word文檔中,用中括號[]將需要擴增的片段括起來,也就是在基因的 起始密碼子前加上[ 以及 終止密碼子后加上]
隨后,將整段序列(包括5'和3’)復制,輸入到Primer3的序列輸入框中:
接着,設計引物的Tm值和引物長度:
但是,最最最最最最最最最最重要的是,別忘了設計產物大小,如果產物大小沒有設置正確,無論如何也不會設計出引物!!!!!!!筆者的血淚教訓!!!