RoseTTAFold建模測試psipred出現buffer overflow detected錯誤解決辦法


安裝RoseTTAFold完成后,進入example目錄測試建模時,報錯如下:

~/Programs/RoseTTAFold-main/input_prep/make_ss.sh: line 24: 31151 Aborted
                 (core dumped) psipred $ID.mtx $DATADIR/weights.dat $DATADIR/weights.dat2 $DATADIR/weights.dat3 > $ID.ss

由於psipred運行錯誤導致預測二級結構出現錯誤,也不能繼續向下執行。

解決方法如下:

1. 首先到github下載psipred源碼(https://github.com/psipred/psipred):

1 git clone https://github.com/psipred/psipred
2 cd psipred

2. 進入 src 目錄后,修改 sspred_avpred.c 文件第 241 行,buff size 由256修改到512

修改

1    char            buf[256], *p;

1    char            buf[512], *p;

3. 修改完成后,在src目錄重新編譯產生新的可執行文件:

1 make

4. 將新產生的四個可執行文件(psipass2, psipred, seq2mtx, chkparse)覆蓋到目錄 ~/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin :

1 cp ~/[dirname]/psipred/src/seq2mtx ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin
2 cp ~/[dirname]/psipred/src/psipass2 ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin
3 cp ~/[dirname]/psipred/src/psipred ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin
4 cp ~/[dirname]/psipred/src/chkparse ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin

再次運行 ../run_pyrosetta_ver.sh input.fa . 

到此問題應該就解決了。

 


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