安裝RoseTTAFold完成后,進入example目錄測試建模時,報錯如下:
~/Programs/RoseTTAFold-main/input_prep/make_ss.sh: line 24: 31151 Aborted (core dumped) psipred $ID.mtx $DATADIR/weights.dat $DATADIR/weights.dat2 $DATADIR/weights.dat3 > $ID.ss
由於psipred運行錯誤導致預測二級結構出現錯誤,也不能繼續向下執行。
解決方法如下:
1. 首先到github下載psipred源碼(https://github.com/psipred/psipred):
1 git clone https://github.com/psipred/psipred 2 cd psipred
2. 進入 src 目錄后,修改 sspred_avpred.c 文件第 241 行,buff size 由256修改到512:
修改
1 char buf[256], *p;
為
1 char buf[512], *p;
3. 修改完成后,在src目錄重新編譯產生新的可執行文件:
1 make
4. 將新產生的四個可執行文件(psipass2, psipred, seq2mtx, chkparse)覆蓋到目錄 ~/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin :
1 cp ~/[dirname]/psipred/src/seq2mtx ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin 2 cp ~/[dirname]/psipred/src/psipass2 ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin
3 cp ~/[dirname]/psipred/src/psipred ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin
4 cp ~/[dirname]/psipred/src/chkparse ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin
再次運行 ../run_pyrosetta_ver.sh input.fa .
到此問題應該就解決了。