1、測試數據下載
鏈接：https://pan.baidu.com/s/1EfffExvtxZYI1QLuxUZQ_g
提取碼：5wfe
數據為plink 格式數據test.map、test.ped ；
一共包含三個品種，DOR、GMM、SUN各20個樣本。
2、下載gcta軟件，官網：
https://cnsgenomics.com/software/gcta/#Overview
wget https://cnsgenomics.com/software/gcta/bin/gcta_1.93.1beta.zip
解壓：
3、將測試數據轉化為二進制：
plink --file test --make-bed --sheep --out test
4、
4、運行gcta：
gcta64 --bfile test --make-grm --autosome-num 26 --out tmp
注意 --autosome-num 設定染色體數目
gcta64 --grm tmp --pca 5 --out pca
5、根據pca.eigenvec文件繪圖
mydat<-read.table("pca.eigenvec",as.is = T,header = F,stringsAsFactors = F)
png("PCA.png",width = 7000,height = 7000,pointsize = 160)
plot(mydat$V3,mydat$V4,lwd.ticks=10,font.axis=2,cex.lab=1.2,cex.axis=1.2,font.lab=2,ylab="PC2",xlab = "PC1",main="PCA",cex=1.4,pch=19,col=c(rep("red",20),rep("cyan",20),rep("magenta",20)))box(which="plot",col="black",lwd=18)
legend("bottomleft",box.lwd=5,cex=1.1,inset = 0.04,c("DOR","GMM","SUN"),pch=19,col=c("red","cyan","magenta"))
dev.off()
繪圖結果：
