今天碰到一個問題,就是從UK biobank下載下來的gwas result file是filename.tsv.bgz格式。這東西需要解壓才能閱歷,可是用zip或者rar都是搞不定,網上搜了一圈,說用zcat解壓,可是找不到zcat。於是就上Google上面搜了一圈,嘗試了用R語言的R.utils包解壓讀取數據,但是數據太大,電腦動不了。最后發一下比較可行的辦法,就是用linux系統。
第一步,直接進入linux系統,打開文件所在文件夾,打開指令輸入框“Ctrl+Alt+T”或者右鍵打開。
第二步,輸入:mv filename.tsv.bgz filename.tsv.gz. 【這里的filename=所下載的文件名,本案例中就是22650_1.gwas.imputed_v3.both_sexes.tsv.bgz】
第三步,輸入:gunzip filename.tsv.gz
這樣子就能在文件夾中得到解壓的文檔:filename.tsv。
由於本人是剛進入基因組學領域,所以很多不懂。隨筆僅是學習記錄,可供自己以后查閱,所以格式界面較不美觀,真的沒時間折騰這個。希望也能幫到一樣剛入門的小白們。