數據庫
- 生物信息軟件庫：Bioconda
- 基因序列信息庫：Gencode
- MQTL DB，QTLbase,Enhancer DB，SEnhancerDB
- GWAS DB：IEU，Catalog，ATLAS，Nealelab，LD-HUB，PGC精神，SSGAC社科，niagads，CCACE認知與衰老，CTG神經，EGG生長數據，GIANT，ENIGMA，23andme
- GTEx-portal
- Psychencode
- GENE_SET:MSigDB
- 中國國家生物信息數據中心
GWAS分析
FINMAPPING
基因注釋
遺傳相關與差異
- 兩樣本孟德爾隨機化：TwoSampleMR
- 潛在因果變量模型：LCV
- 基因組結構方程：GenomicSEM，貝葉斯結構方程：GenomicSEM
- 全局遺傳相關：LDAK，LDSC，HDL，LD-HUB
- 區域遺傳相關：LOGODetect，HESS，SUPERGNOVA，GNOVA
- 多效性位點鑒定：pleio
- 多效性位點共定位：Hyprcoloc，MCOLOC
- 遺傳差異：CCGWAS
多性狀分析
SNP-to-GENE ：COLOC TWAS GENE_BASED
- COLOC:COLOC，genetics-colocalisation，eCAVIAR，Fastenloc
- TWAS:PREDIXCAN，FUSION，sCCA-ACAT，MetaXcan，UTMOST，MR-JTI，SMR，FOCUS
- GENE_BASED:MAGMA，H-MAGMA，E-MAGMA，GCTA，Pascal
RNA-SEQ
富集分析/蛋白互做
- 基因功能富集:Metascape，David，g:Profiler，Reactome
- 基因組織富集:TSEA，deTS，CoCoNet，Tissueenrich
- SNP功能富集：GAUSS，GARFIELD，FUMA，Depict
- GO去冗余：REVIGO
- 蛋白互做:String
繪圖
SNP-ceRNA網絡
- 論文：ceRNA在癌症中的新興功能及其機制
- 論文：宮頸癌病理中circRNA-miRNA-mRNA網絡的重建與分析
- 論文：lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA ceRNA網絡在腰椎間盤退變中的作用
- ENCORI--Mir-Snp--miRNA-SNP--miRSNP--MSDD--miRNet--Lnc-Snp--mirDIP