数据库
- 生物信息软件库：Bioconda
- 基因序列信息库：Gencode
- MQTL DB，QTLbase,Enhancer DB，SEnhancerDB
- GWAS DB：IEU，Catalog，ATLAS，Nealelab，LD-HUB，PGC精神，SSGAC社科，niagads，CCACE认知与衰老，CTG神经，EGG生长数据，GIANT，ENIGMA，23andme
- GTEx-portal
- Psychencode
- GENE_SET:MSigDB
- 中国国家生物信息数据中心
GWAS分析
FINMAPPING
基因注释
遗传相关与差异
- 两样本孟德尔随机化：TwoSampleMR
- 潜在因果变量模型：LCV
- 基因组结构方程：GenomicSEM，贝叶斯结构方程：GenomicSEM
- 全局遗传相关：LDAK，LDSC，HDL，LD-HUB
- 区域遗传相关：LOGODetect，HESS，SUPERGNOVA，GNOVA
- 多效性位点鉴定：pleio
- 多效性位点共定位：Hyprcoloc，MCOLOC
- 遗传差异：CCGWAS
多性状分析
SNP-to-GENE ：COLOC TWAS GENE_BASED
- COLOC:COLOC，genetics-colocalisation，eCAVIAR，Fastenloc
- TWAS:PREDIXCAN，FUSION，sCCA-ACAT，MetaXcan，UTMOST，MR-JTI，SMR，FOCUS
- GENE_BASED:MAGMA，H-MAGMA，E-MAGMA，GCTA，Pascal
RNA-SEQ
富集分析/蛋白互做
- 基因功能富集:Metascape，David，g:Profiler，Reactome
- 基因组织富集:TSEA，deTS，CoCoNet，Tissueenrich
- SNP功能富集：GAUSS，GARFIELD，FUMA，Depict
- GO去冗余：REVIGO
- 蛋白互做:String
绘图
SNP-ceRNA网络
- 论文：ceRNA在癌症中的新兴功能及其机制
- 论文：宫颈癌病理中circRNA-miRNA-mRNA网络的重建与分析
- 论文：lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络在腰椎间盘退变中的作用
- ENCORI--Mir-Snp--miRNA-SNP--miRSNP--MSDD--miRNet--Lnc-Snp--mirDIP