安裝conda，並添加頻道及配置環境

安裝conda

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  ##-c 表示斷點續傳

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

添加頻道

conda config --add channels

官方頻道

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --set show_channel_urls yes

北外鏡像頻道

conda config --add https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/cloud/conda-forge/
conda config --add https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes

刪除頻道

conda config --remove channel1

配置環境

conda create -n X X表示創建的小環境的文件的名稱

修改創建的環境

conda create -n X1 --clone  X2

啟動conda小環境

[huweichang@ln02 ~]$ conda env list
# conda environments:
#
base                  *  /public-supool/home/huweichang/miniconda3
mq                       /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/mq
py2                      /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/py2
python2                  /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/python2

[huweichang@ln02 ~]$ conda activate py2
(py2) [huweichang@ln02 ~]$ conda env list
# conda environments:
#
base                     /public-supool/home/huweichang/miniconda3
mq                       /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/mq
py2                   *  /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/py2
python2                  /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/python2

刪除已配置的小環境及安裝的包

conda remove -n  X --all

安裝指定版本

多個軟件一塊安裝

conda install -y multiqc fastp

查看當前環境安裝的軟件

conda list

查看符合正則表達式的軟件

conda list fast*

查看指定環境的軟件

conda list -n mq

升級安裝的軟件

conda update fastqc

刪除特定環境下的特定軟件

conda remore -n mq maxquant

conda會提醒是否升級，但是一般不影響使用就不用管他

 conda update conda

conda常見命令

版本控制和轉移