拍免疫熒光或者熒光轉染的時候，一定會遇到不同顏色熒光照片合並與分割，以及熒光和明場照片的合並問題。
雖然大部分情況下，拍照軟件會完成這一工作，但如果想對某一顏色的圖片進行修改，然后再合並，或者提取某一個通道的照片，這時候就需要ImageJ了。
ImageJ中的這一功能較為基礎，不需要插件，作為基礎功能篇的第一篇，主要介紹怎么利用ImageJ對熒光照片合並、分割，以及熒光與明場之間合並。
一、不同熒光照片合並、分割
（1）合並
1、打開待合並的圖像
三張不同顏色的熒光圖像
2、合並不同顏色通道（Image-Color-Merge Channels）
彈出Merge Channels界面：
總共有7個顏色通道，每個顏色選擇對應的照片，點擊OK。出現合並后的圖像（Composite）。
但這時候的合並圖像只是三個8-bit的Stacks，如果要保存的話需要把圖像轉換為RGB模式。
左右調節工具條，發現左上角的顏色信息會變，但是圖片依然是合並后圖像
Tips：如果想要更改某一顏色通道，可以使用Channels Tool（Image-Color-Channels Tool），選擇不同通道后，對單一通道進行修改，不影響其他通道。
選擇不同Channel，可以呈現不同顏色
3、生成RGB的合並圖像（Image-Color-Stack to RGB）
生成一張命名為Composite的RGB圖像：
命名為Composite的RGB圖像
注意：這里一定要Stack to RGB，否則保存后的圖片並不是Merge后的狀態。
4、保存圖片（File-Save）
（2）分割
1、打開一張RGB圖像
2、將RGB圖像轉換為Composite圖像（Image-Color-Make Composite）
這時候三種顏色通道都已經分離出來了。這一步是為了后面能直接分割出三個帶有偽彩的通道。如果直接Split Channels，也會得到三個通道，但是沒有偽彩。
（3）分離不同顏色通道的圖片（Image-Color-Split Channels）
（4）分別保存圖像（File-Save）
二、熒光與明場之間合並
做siRNA、慢病毒等轉染實驗時，需要統計細胞的轉染效率。同一視野下，分別拍攝熒光和明場的照片，這時候就需要將熒光和明場照片合並，易於計算帶有熒光標記的細胞。
1、打開熒光和明場圖像
2、合並不同顏色通道（Image-Color-Merge Channels）
與熒光照片合並的唯一不同是：明場照片選擇gray通道：
Tips：如果熒光較弱，可以單獨對熒光照片增加亮度和對比度（Image -> Adjust -> Brightness/Contrast）。
3、生成RGB的合並圖像（Image-Color-Stack to RGB）
4、保存圖片（File-Save）