多文解讀：多基因分險得分（Polygenic risk score，PRS）應用
多基因分險得分（Polygenic risk score，PRS）的計算，我在去年的推文中就已經寫過。
感興趣的請見之前的推文：GWAS系列分析：多基因風險評分(Polygenic Risk Score)的計算
縱觀這些年的GWAS文章，幾乎都會應用PRS。
下面就此綜述一下PRS有哪些應用場景。
1、SNP對表型的解釋方差
應用PRS，可以計算SNP對表型的遺傳解釋方差，這是目前文獻的主流做法。
如下截圖，SNP對表型的遺傳解釋方差有5.2%。
這個結果來自PRSice軟件的生成的PRSice.summary結果文件。
截圖來自文獻：
Genome-wide association meta-analysis in 269,867 individuals identifies new genetic and functional links to intelligence
類似的文獻：
Meta-analysis of genome-wide association studies for neuroticism in 449,484 individuals identifies novel genetic loci and pathways
Study of 300,486 individuals identifies 148 independent genetic loci influencing general cognitive function
Genome-wide Association Study of Posttraumatic Stress Disorder (PTSD) Re-Experiencing Symptoms in >165,000 US Veterans
Quantitative genome-wide association study of six phenotypic subdomains identifies novel genome-wide significant variants in autism spectrum disorder
2、預測疾病狀態
這類的工作思路是，先計算PRS，每個個體得到對應的PRS值后，提取高風險（比如前2.5%）、中風險（中值）、低風險（比如倒數2.5%）的個體。
隨后對高風險、中風險、低風險的個體的發病頻率進行統計檢驗。
示例來自文獻：
Fine-mapping of an expanded set of type 2 diabetes loci to single-variant resolution using high-density imputation and islet-specific epigenome maps
類似做法的文獻：
Human pancreatic islet 3D chromatin architecture provides insights into the genetics of type 2 diabetes
3、多種疾病遺傳共享（genetic overlaps）
比如研究精神疾病之間是否遺傳共享，可以將精神分裂症的GWAS結果作為source，雙向情感障礙個體的基因型作為target，計算PRS得分，如下截圖所示:
比起雙相情感障礙Ⅱ型（BD2），精神分裂症(SCZ)與雙相情感障礙Ⅰ型(BD1)有更高的遺傳共享;
比起雙相情感障礙Ⅰ型(BD1)，抑郁症(DEPR)與雙相情感障礙Ⅱ型（BD2）有更高的遺傳共享；
示例來自文獻：
Genome-wide association study identifies 30 Loci Associated with Bipolar Disorder
source和target的概念來自PRSice，感興趣的戳我之前的推文：GWAS系列分析：多基因風險評分(Polygenic Risk Score)的計算。
類似做法的文獻：
Genome-wide association study of alcohol consumption and use disorder in 274,424 individuals from multiple populations
以上文獻，應該都囊括了目前文獻應用PRS的思路。想要這些文獻的在公眾號bio生物信息后台回復“PRS”
講一下為什么寫這篇推文，昨天我發了個朋友圈，吐槽因我沒及時回復陌生網友問題然后被刪（逗）。有小朋友在下面回復讓我多寫一下多基因分險得分的推文。今天剛好周末，有時間就寫了。反正看啥文獻都是看，大家有需求，那我就寫。如果你有什么希望我寫一寫的，也可以后台留言讓我知道，我會根據需求多寡發文。
