conda使用教程&Jupyterlab/notebook教程

conda使用教程

1.安裝miniconda

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ;bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh;

2.配置configure

~/.condarc

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/ #pytorch需要
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --remove-key channels #恢復默認鏡像

3.查看已配置的channels

conda config --get channels

4.創建環境和安裝包

conda create -n env_name package_name  # 創建env_name環境以及在該環境下安裝package_name包
source activate env_name， source deactivate env_name  # 激活或者禁用當前環境
conda info --env，conda env list  # 查看所有的環境，帶*的為激活的環境
conda create -n env_name python=3.5  # 在env_name 環境中指定暗轉python3.5版本
conda list  # 列出當前環境下所有安裝包
conda list -n my_env  # 列出 my_env環境中所有的安裝包
conda list --export > package-list.txt  # 把當前環境中的所有包導出list，以備后續使用
conda create -n my_env --file package-list.txt  # 對導出的包list重新安裝到my_env 環境中
conda search package_name  # 搜索是否有這個安裝包，沒有的話無法使用conda install 安裝
source activate env_name；  # conda install package_name，在env_name環境中安裝包
conda info -e #顯示環境信息
conda env remove -n env_name #刪除環境

例如: 創建外顯子測序流程中測序分析環境wes，並在wes中安裝外顯子分析相關軟件，安裝完畢后activate環境即可在該環境下分析wes，以避免軟件沖突

conda create -n wes bcftools vcftools python=2 bwa
source activate wes

5. 刪除環境

conda env remove -n env_name 

6.conda安裝/卸載當前channels中不存在的包

anaconda search -t conda xxx #首先搜索包和對應的channel，注意這里是anaconda，而不是conda
anaconda show rpetit3/aspera-connect #查看包詳情
conda install -c rpetit3 aspera-connect  #安裝rpetit3 channel中的aspera-connect包

7.更新和卸載包

conda update package_name
conda uninstall package_name， conda remove package_name
conda uninstall -n env package_name # 刪除env環境中的xxx包 uninstall可以用remove代替
conda update --all #更新所有包

8.conda 更新

1 conda update conda

conda配置文件

~/.condarc

channels:
  - "'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main'"
  - "'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free'"
  - "'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro'"
  - defaults
show_channel_urls: true
envs_dirs:     
  - /conda_envs
pkgs_dirs:     
  - /conda_pkgs

conda安裝Jupyterlab

安裝juperlab

1、在開始菜單中打開Anaconda Prompt
2、執行jupyter lab安裝命令：conda install nodejs jupyterlab 
3、升級jupyter內核和客戶端：conda update jupyter_core jupyter_client
4、啟動jupyter lab：jupyter lab
   啟動jupyter notebook：jupyter notebook

配置

配置密碼

1.進入python命令行模式

from notebook.auth import passwd
passwd()

輸入方便你記的密碼，連續輸；兩次..輸完密碼后，會輸出一個字符串，形如： ’sha1:9e7a5c5e0a29:8cbdvsv2344d141c92beab1c5bc6e9avsdvdsvsv’將其保存下來, 完成以上操作后，通過exit()退出ipython環境

2.進入安裝目錄 .../jupyter執行

jupyter lab --generate-config
#命令會產生配置文件：/home/xxx/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

3.編輯配置文件

 c.NotebookApp.ip = '*' # 允許訪問此服務器的 IP，星號表示任意 IP
 c.NotebookApp.password = u'sha1:xxx:xxx' # 之前生成的密碼 hash 字串
 c.NotebookApp.open_browser = False # 運行時不打開本機瀏覽器
 c.NotebookApp.port = 8888 # 使用的端口，隨意設置
 c.NotebookApp.enable_mathjax = True # 啟用 MathJax
 c.NotebookApp.allow_remote_access = True #允許遠程訪問
 c.NotebookApp.notebook_dir = '/home/xxxx/notebook'  #默認打開的工作目錄

4.打開防火牆

   firewall-cmd --zone=public --add-port=8888/tcp --permanent
   firewall-cmd --query-port=8888/tcp
   firewall-cmd --reload

5.啟動服務

#前台運行模式（命令行窗口不能關閉）
jupyter lab
#后台運行模式
nohup jupyter lab &

6.安裝插件

• 安裝nodejs

  conda install -c conda-forge nodejs
  

• 打開ExtensionManager

  

給Jupyterlab安裝C++ kernel

https://blog.csdn.net/weixin_37543731/article/details/99254107

https://blog.csdn.net/jxncxgx/article/details/104576319

Jupyterlab 插件

https://zhuanlan.zhihu.com/p/101070029

1. 顯示系統信息https://www.ctolib.com/mip/jtpio-jupyterlab-system-monitor.html X
2. go_to_definition插件
3. toc插件https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-toc
4. autoversion插件 X
5. drawio插件
6. githubhttps://github.com/jupyterlab/jupyterlab-github
7. LaTeXhttps://github.com/jupyterlab/jupyterlab-latex
8. HTMLhttps://github.com/mflevine/jupyterlab_htmlX
9. plotlyhttps://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/jupyterlab/jupyter-renderers
10. bokehhttps://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/bokeh/jupyter_bokeh
11. matplotlibhttps://github.com/matplotlib/ipympl X
12. sqlhttps://github.com/pbugnion/jupyterlab-sql
13. variableinspectorhttps://github.com/lckr/jupyterlab-variableInspector X
14. gatherhttps://github.com/microsoft/gather
15. lsphttps://github.com/krassowski/jupyterlab-lsp
16. spreadsheethttps://github.com/quigleyj97/jupyterlab-spreadsheet

---

Jupyter notebook插件

插件安裝

#pip
pip install jupyter_contrib_nbextensions 
jupyter contrib nbextension install --user
pip install jupyter_nbextensions_configurator
jupyter nbextensions_configurator enable --user
#conda
conda install -c conda-forge jupyter_contrib_nbextensions 
conda install -c conda-forge jupyter_nbextensions_configurator

Jupyter notebook 常用快捷鍵

命令行模式

f //查找並替換
x //剪切代碼塊
c //復制代碼塊
v //粘貼到下面
shift-v //粘貼到上面
d //刪除代碼塊
z //撤銷刪除
shift-up/down //擴展選擇單元格
shift-m //合並單元格
y //變成代碼塊
m //變成markdown
r //清楚代碼塊格式
shift-enter //運行並選擇下面代碼塊
alt-enter //運行並插入下面代碼塊
ctrl-enter //運行選中的代碼塊
shift-space //向上滾動
space //向下滾動

編輯模式

CTRL+shift+'-' //切割換行

常用插件

1. autopep8：代碼規范化

2. codefolding：代碼帶折疊效果

3. latexenvironments...：latex支持

4. hinterland：代碼提示

   exclude_regexp: /[%0-9a-z._/\\:~-]/i //避免自動上屏
   

5. highlight select word: 選高亮下文相同單詞

6. table of contenes：toc目錄生成

7. variable inspector：檢查變量

8. autoscroll：自動折疊過長輸出

9. execute time：顯示執行時間

10. notify：長期任務后台通知插件

11. highlighter：markdown高亮

12. jupyterthemes:主題色彩

    // https://github.com/dunovank/jupyter-themes
    jt -t onedork -fs 95 -altp -tfs 11 -nfs 115 -cellw 88% -T