1.首先安裝anaconda或者miniconda
anaconda: https://www.anaconda.com/download/
2.配置 configure：此處為添加清華源
1 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
2 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
3 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
4 conda config --set show_channel_urls yes
3. 查看已配置的channels
1 conda config --get channels
4. 創建環境和安裝包
1 conda create -n env_name package_name # 創建env_name環境以及在該環境下安裝package_name包 2 source activate env_name， source deactivate env_name # 激活或者禁用當前環境 3 conda info --env，conda env list # 查看所有的環境，帶*的為激活的環境 4 conda create -n env_name python=3.5 # 在env_name 環境中指定暗轉python3.5版本 5 conda list # 列出當前環境下所有安裝包 6 conda list -n my_env # 列出 my_env環境中所有的安裝包 7 conda list --export > package-list.txt # 把當前環境中的所有包導出list，以備后續使用 8 conda create -n my_env --file package-list.txt # 對導出的包list重新安裝到my_env 環境中 9 conda search package_name # 搜索是否有這個安裝包，沒有的話無法使用conda install 安裝 10 source activate env_name； # conda install package_name，在env_name環境中安裝包
例如: 創建外顯子測序流程中測序分析環境wes，並在wes中安裝外顯子分析相關軟件，安裝完畢后activate環境即可在該環境下分析wes，以避免軟件沖突
1 conda create -n wes bcftools vcftools python=2 bwa 2 source activate wes
5. 刪除環境
1 conda env remove -n env_name
6.conda安裝/卸載當前channels中不存在的包
1 anaconda search -t conda xxx #首先搜索包和對應的channel，注意這里是anaconda，而不是conda 2 anaconda show rpetit3/aspera-connect #查看包詳情 3 conda install -c rpetit3 aspera-connect #安裝rpetit3 channel中的aspera-connect包
7.更新和卸載包
1 conda update package_name 2 conda uninstall package_name， conda remove package_name 3 conda uninstall -n env package_name # 刪除env環境中的xxx包 uninstall可以用remove代替
8.conda 更新
1 conda update conda