JS動畫（逐幀動畫）
首先，在js動畫是逐幀動畫，是在時間幀上逐幀繪制幀內容，由於是一幀一幀的話，所以他的可操作性很高，幾乎可以完成任何你想要的動畫形式。但是由於逐幀動畫的幀序列內容不一樣，會增加制作負擔，且資源占有比較大。但它的優勢也很明顯：因為它相似與電影播放模式，很適合於表演很細膩的動畫，如3D效果、人物或動物急劇轉身等等效果。但是，如果幀率過低的話，會幀與幀之間的過渡很可能會不自然、不連貫。
js是單線程的腳本語言，當js在瀏覽器主線程運行時，主線程還有其他需要運行的js腳本、樣式、計算、布局、交互等一系列任務，對其干擾線程可能出現阻塞，造成丟幀的情況。
其次，js在做動畫的時候，其復雜度是高於css3的，需要考慮一些計算，操作等方便問題。
但是正是由於js對動畫的操作復雜度比較高，能對動畫有一個比較好的控制，如開始、暫定、回放、終止、取幀等，可以很精確的做到。因此可以js可以通過操作DOM和BOM來做一些酷炫的動態效果，以及爆炸特效，且兼容性比較好。
css3（補間動畫）
制作方法簡單方便。只需確定第一幀和最后一幀的關鍵位置即可，兩個關鍵幀之間幀的內容由Flash自動生成，不需要人為處理。當然也可以多次添加關鍵幀的位置。
因為只設置幾個關鍵幀的位置，所以在進行動畫控制的時候時比較弱的。不能夠在半路暫停動畫，或者在動畫過程中不能對其進行一些操作等。
css3在實現一些簡單的滑動，翻轉等特效的時候會很方便，但是想要做到一些酷炫的效果的時候，其操作往往可能會比js操作有更多的冗余。
css3在做動畫的時候，瀏覽器可以對其進行一些優化，會比js使用更少的占用cpu資源，但是效果足夠流暢。
結論
如果動畫只是一些簡單的狀態切換，滑動等效果，不需要中間的控制過程，css3是比較好的選擇，它直接在css文件中就可以實現，並不需要引入太多的js庫。而你想做一些復雜的客戶端界面，開發一個復雜ui的app，實現一個復雜紋理動畫等，需要對頁面進行精准的控制計算，js是不錯的選擇。