JS動畫：
缺點：1.JS在瀏覽器的主線程中運行，而主線程還有其他的js腳本，樣式布局，繪制任務等，對其干擾可能導致線程出現阻塞，從而造成丟幀的情況。
2.JS動畫代碼復雜度高於CSS3動畫。
優點：1.JS動畫控制能力很強，可以在動畫播放過程中對動畫進行控制，使其開始或停止。
2.動畫效果比CSS3動畫豐富，有些動畫只有JS動畫才能實現，比如曲線運動，沖擊閃爍等。
3.CSS3有兼容性問題，而JS大多時候沒有兼容性問題。
CSS3動畫：
缺點：
1.運行過程較弱，無法附加綁定回調函數，CSS3動畫只能暫停，不能在動畫中尋找一個特定的事件點，不能在半路反轉動畫，不能變換事件尺度，不能在特定的位置添加回調函數或是綁定回放事件，無進度報告。
2.代碼冗長。想用CSS3實現稍微復雜一點的動畫，最后CSS代碼都會變得特別笨重。
優點：
1.瀏覽器可以對動畫進行優化。
結論：
如果動畫只是簡單的狀態切換，不需要中間過程控制，在這種情況下，CSS3動畫是優先選擇方案。它可以讓你將動畫邏輯放在樣式文件里面，而不會讓你的頁面充斥JS庫。然而如果你在設計很復雜的富客戶端界面或者開發一個有着復雜UI狀態的APP，那么你應該使用JS動畫，這樣你的動畫可以保持高效，並且你的工作流也更可控。所以，在實現一些小的交互動效的時候，就多多考慮CSS3動畫，對於一些復雜控制的動畫，使用JS動畫比較可靠。