1.協議層級：ISIS鏈路層、OSPF在IP層
集成ISIS協議作為網絡層協議直接運行在鏈路層上，ISIS數據包在以太網中通過其協議類型0xFEFE被鏈路層承認。IP類型是0x0800。
在鏈路層上運行ISIS協議的好處是可以避免受到ip數據包欺騙與DoS攻擊，不利之處在於不能在ATM上運行。
OSPF在ip上運行，協議號為89，在IP中封裝意味着OSPF報文會遭到IP包欺騙與拒絕服務攻擊。
2.路由通告報文：ISIS用TLV、OSPF用LSA
ISIS大量使用可變長報文來通告路由選擇信息。所有的ISIS報文均使用了tlv字段，從而每類ISIS報文都可以擴展。並且ISIS路由器可以忽略自身不支持的tlv類型。OSPF報文報文格式不可以擴展。OSPF使用各種不同類型的LSA來通告信息。LSA是可擴展的。和ISIS不同的是，那些沒有得到接收認可的LSA類型不會擴散到鄰接路由器。
3．MTU通告方式：ISIS通過填充hello報文、OSPF通過在DD報文中通告MTU
為了建立鄰接，OSPF和ISIS都需要通知路由器獲取匹配的最大傳輸單元的大小。ISIS 協議在hello報文中填充mtu大小，而OSPF則在數據庫描述報文中通告接口mtu。ISIS可以手工禁止mtu的填充報文。
4．周期通告hello方式：ISIS在廣播MAC、OSPF在組播地址
在ISIS和OSPF中都是通過周期性地傳送和接收hello報文來實現的，ISIS的hello報文被通告到第二層廣播地址上，比如以太網廣播地址是0180.c200.0014和0180.c200.0015。OSPF被廣播到224.0.0.5 和DR224.0.0.6。
5．鏈接關系建立：ISIS狀態有3個、OSPF有7個
ISIS和OSPF在鄰接關系建立上存在重大的差異，ISIS協議在通過交換hello報文建立雙方通信后建立鄰接關系，在建立鄰接后就會同步雙方的lsdb，由於鄰接關系建立先於數據庫同步從而可能引起的瞬時路由選擇問題可以通過使用ISIS超載位來解決。
Down→Init→Up
OSPF采用了一個復雜的進程，該進程要求路由器在建立鄰接之前同步他們的lsdb，這樣就可以避免那些當相鄰的還不具備完全轉發能力的路由器吸收了中轉流量時可能會發生的瞬時路由選擇問題。
Down→Init→Two-way→Exstart→Exchange→Uploading→Full
6．選舉方式：ISIS只有一個DIS、OSPF有DR、BDR
ISIS和OSPF都有指定路由器的概念，用來限制在廣播鏈路中，路由器之間交換的鏈路狀態信息的數量。ISIS只要求選舉一台DIS，不需要備份，而且允許搶占，DIS通告hello報文的速度比其他路由器要快，缺省時其他節點的3倍。OSPF選舉一台DR和BDR，DR不能被搶占。
DIS可以被搶占，以3倍頻率發送hello。BDR，DR不能被搶占，DR以正常的頻率發送Hello
7、支持的網絡類型：ISIS支持2種、OSPF支持4種
ISIS僅支持廣播和點對點鏈路。不支持NBMA鏈路。在NBMA環境下，可配置為p2p子接口或者廣播鏈路（如果是全互聯的連接方式）。
OSPF支持如下網絡類型：p2p、廣播、NMBA、點到多點和按需鏈路。
8、數據庫同步時間：ISIS在鏈接建立之后，OSPF在鏈接建立時
ISIS在鏈接up之后才同步數據庫。
OSPF在exchange--full過程中同步
9、區域划分方式：ISIS有2個區域、OSPF有很多區域
ISIS路由器屬於一個區域，區域分為level-1、level-1-2、level-2，每個普通區域都類似ospf的stub區域。
OSPF路由器屬於多個區域，區域有area0，普通area，stub，total stub，nssa，total nssa。
10、老化刷新時間：ISIS可調，OSPF固定
默認情況下，ISIS的LSP最大生存時間為1200s刷新間隔為900s，而且定時器值可調。
OSPF的LSA的老化時間為3600s，刷新間隔為1800s，而且是固定值。
11、部分路由計算：ISIS使用PRC計算前綴，OSPF全量SPF
由於ISIS區域中IP前綴是SPF數的葉子，故部分路由計算（PRC)較多，通常這就意味着在一個大的區域中路由處理器的負載較低。
部分SPF被限制用於域間和外部路由，任何要求較小的區域和分層拓撲擴展引起的域間鏈路動盪導致完全的SPF計算。
12、組播、IPv6擴展性：ISIS不支持組播路由，MOSPF和OSPFv3支持組播和IPv6
注： 一個IGP能夠支持多大的區域是許多人都感興趣的問題。ISIS在1000台路由器的域中沒有出過重大問題，目前世界頂級的isp運行在ISIS的單個域中都超過500台，OSPF也可以配置到350台，不過數據不是絕對的。