R包pheatmap：用參數一步步詳細繪制熱圖

經常會想到用熱圖來展示某個基因或某些基因的表達量問題，今天用R中pheatmap包一步步繪制熱圖。

第一步：公眾路徑設置，調用包pheatmap,讀取目的文件，查看文件。

rm(list=ls())
setwd("D:/VIP/ARSTUDYLOCATION/heatmap/heatmap/")
getwd()

library(pheatmap)
library(ggplot2)

data <- read.table("test.FPKM.txt",header=T,row.names=1,sep="\t")
dim(data)
head(data)

第二步：逐步深入繪制熱圖（圖1-圖15）

一建熱圖（圖1）
p<-pheatmap(data)
設置標准化方向scale，對其橫向標准化
p<-pheatmap(data,scale="row")
設置邊框為白色，橫向縱向聚類為無；border="white;cluster_cols = F;cluster_rows = F
p<-pheatmap(data,scale="row",border="white",cluster_cols = F,cluster_rows = F)

　　

 

 

圖1

 

去掉橫縱坐標中的id；show_rownames = F,show_colnames = F（圖2）
p<-pheatmap(data,scale="row",show_rownames = F,show_colnames = F,border="white",cluster_cols = F,cluster_rows = F)

　　

 

 圖2 去掉橫軸和縱軸的名稱

 

去掉右上角圖例;legend = F（圖3）
p<-pheatmap(data,scale="row",show_rownames = F,show_colnames = F,legend = F,border="white",cluster_cols = F,cluster_rows = F)

　　

 

 圖3 將右上角的圖例去掉

 

設置右上角圖例的范圍；legend_breaks=c(-1,1)（圖4）
p<-pheatmap(data,scale="row",legend_breaks=c(-1,0,1),show_rownames = F,show_colnames = F,legend = T,border="white",cluster_cols = F,cluster_rows = F)
p<-pheatmap(data,scale="row",legend_breaks=c(-2,0,2),show_rownames = F,show_colnames = F,legend = T,border="white",cluster_cols = F,cluster_rows = F)

　　

 

 圖4 更改圖例范圍

 

設置圖中字的大小；fondsize（圖5）
#圖表字體：命令：fondsize=2/8
p<-pheatmap(data,scale="row",fontsize = 2,show_rownames = T,show_colnames = T,legend = F,border="white",cluster_cols = F,cluster_rows = F)
p2<-pheatmap(data,scale="row",fontsize = 8,show_rownames = T,show_colnames = T,legend = F,border="white",cluster_cols = F,cluster_rows = F)

　　

 

 圖5 設置字的大小

 

 

改變橫向和縱向字體大小；fontsize_row = 8,fontsize_col=12 (圖6)
p<-pheatmap(data,scale="row",fontsize_row = 8,fontsize_col = 12,show_rownames = T,show_colnames = T,legend=T,border="white",cluster_cols = T,cluster_rows = T)
p<-pheatmap(data,scale="row",fontsize_row = 12,fontsize_col = 8,show_rownames = T,show_colnames = T,legend=T,border="white",cluster_cols = T,cluster_rows = T)

　　

 

 圖6 改變橫向和縱向字體的大小

 

設置橫向縱向的樹高；treeheight_col = 20,treeheight_row = 15（圖7）
p<-pheatmap(data,scale="row",border="white",cluster_cols = T,treeheight_col = 20,cluster_rows = T,treeheight_row = 15)
p<-pheatmap(data,scale="row",border="white",cluster_cols = T,treeheight_col = 20,cluster_rows = T,treeheight_row = 20)

　　

 

 圖7 設置橫向和縱向聚類熱圖的樹形高度