系統及R版本:ubuntu18系統,R.3.6
執行命令:BiocManager::install("GSVA")
出現error:
...
checking for xml2-config... no
Cannot find xml2-config
ERROR: configuration failed for package ‘XML’
...
解決過程:
1.先查看系統是否安裝了libxml2。命令:dpkg -l | grep xml
我發現系統安裝了libxml2,怎么還會報錯呢?
2.再查看error提示,發現是xml2-config沒有找到。同時,搜索該問題:https://blog.csdn.net/duchang110/article/details/35230953。
3.我猜想:可能是沒有安裝libxml2-dev所致。
解決:sudo apt install libxml2-dev
libxml2-dev安裝完畢后,在r中安裝GSVA包時,安裝成功。