R包安装报错---安装GSVA包,提示xml2-config的错误


系统及R版本:ubuntu18系统,R.3.6

 

执行命令:BiocManager::install("GSVA")

出现error:

...

checking for xml2-config... no
Cannot find xml2-config
ERROR: configuration failed for package ‘XML’
...

解决过程:

  1.先查看系统是否安装了libxml2。命令:dpkg -l | grep xml

    我发现系统安装了libxml2,怎么还会报错呢?

  2.再查看error提示,发现是xml2-config没有找到。同时,搜索该问题:https://blog.csdn.net/duchang110/article/details/35230953。

  3.我猜想:可能是没有安装libxml2-dev所致。

解决:sudo apt install libxml2-dev

libxml2-dev安装完毕后,在r中安装GSVA包时,安装成功。


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