# genefuse
# 手頭有一批DNA數據，打算進行基因融合分析
# Google搜羅一番，發現都是基於轉錄組RNA數據的
# 好不容易找到一款基於DNA數據，genefuse！在GitHub，anaconda都有源代碼包
# 軟件原網址：
# https://github.com/OpenGene/genefuse
# genefuse直接基於fastq文件分析，所以你只要准備好fastq.gz文件就可以
# 安裝
conda install -c bioconda genefuse
# 使用
genefuse --ref /biodata/pipeline/TUMOR/database/hg19/hg19.nonhap.fa \
# 參考基因組，這里使用hg19也就是Grh37
--fusion /biodata/pipeline/TUMOR/yln-test/genefuse/GeneFuse/genes/druggable.hg19.csv \
# druggable.hg19.csv是軟件自帶的基於hg19基因組的全部可用葯靶點的文件，
# 此外，還有cancer.hg19.csv，是整理了來自COSMIC數據庫的全部已經實驗驗證的與癌症相關的基因融合，良心！
# druggable.hg19.csv比cancer.hg19.csv包含的基因數目小，所以跑起來更快，速度大概相差5倍
--read1 NG19-GXH0818-FFPE_S3_R1_001.fastq.gz \ # 雙端測序的序列1
--read2 NG19-GXH0818-FFPE_S3_R2_001.fastq.gz \ # 雙端測序的序列2
--html ${sample_id}.html > ${sample_id}.html #輸出結果，可以選擇html,json兩種格式
# 當然，也可以針對自己感興趣的基因配置fusion file,使用軟件自帶的腳本：gen_fusion_file.jl
# 需要提供：自己感興趣基因列表（使用空格或者換行符分隔，注意linux,windows換行符不一樣）
julia scripts/gen_fusion_file.jl -r hg19 -g genes.txt -f fusion.csv
# 這個軟件真是太好用了！