時間序列濾波之軟件TIMESAT
前言：由於之前和當下濾波的需要，苦於網上此道太孤，且內容大多陳舊、不詳細。特作此系列，特別做此文章。本篇博文和下一篇博文只是拋磚引玉，另一種解釋是關於時間序列濾波之軟件TIMESAT這個方法，我在網上找了好久，可能是我找的方式不對，但是資料真的好少。我喜歡用不同的方法來解決問題，該系列前九個博文提供的都是較成熟的方法。但這篇和下一篇卻是殘篇，之所以仍要發布出來，是想通過這種方式來公布，以此來獲得大家的幫助。
如果，有對TIMESAT相關研究經歷的，請不吝賜教。我會盡力把該篇博文內容補充完整。
目錄：
一、TimeSat下載及matlab配置
二、TimeSat 3.1軟件的使用和說明詳解（后續補充）
三、（后續補充）
.....
准備：
1.TimeSat安裝包
2.MATLAB2018b(matlab每年分上下半年發布兩個版本，一個是上半年的a，和下半年的b。建議通常用b，因為通常更穩定)（雖然該博文發布的時間，正逢美國對我國進行實體清單限制的當下。尤其是MATLAB授權。只希望國產軟件借此東風，扶搖直上）
TimeSat是一款不錯的時間序列濾波軟件，很專業，在提取植被物候參數方面有着很好的應用，本文主要講解TimeSat 3.3軟件在Windows和Matlab平台的安裝及TimeSat 3.3軟件的使用和說明詳解。
特別標注：該軟件3.1版本只適合xp系統以及2011的matlab，后來在官網上找到了最新的3.2版本。支持64位操作系統以及2014的matlab。但現在大多操作系統是win10，且matlab大多用的也是2016、2017、2018以及2019之類的。又因為截止到今天（指本篇文章編寫的時間2020.4.10）最新版的是3.3，所以最好選3.3。
大家可以直接去官網（http://www.nateko.lu.se/TIMESAT/timesat.asp）注冊下載。
官網截圖如下：（建議大家打開國外網站用Google和Firefox瀏覽器）（此法下不了）
但是有一個問題是，官網注冊的時候，會用到Google公司的rechaptcha驗證碼系統，因為大天朝的牆太高了，所以是刷不出來的，可以選擇掛vpnFQ下載。
如果不想FQ的話，可以從我的百度網盤鏈接里下載鏈接：
https://pan.baidu.com/s/11l13d7jB3zSJfV-conDHWA
提取碼：yuix
一、timesat3.3安裝
所需軟件：tinesat3.3 （7.9MB）
所需平台：matlab(本人用matlab2018b)
1.通過上方百度網盤或其它渠道獲取的軟件包
2.解壓並打開文件查看。timesat提供兩種平台，我們用的是matlab文件夾。只需查看即可。
3.打開matlab2018b(matlab一年發行兩個版本，上半年為a，下半年為b。多用b，更穩定。)
4.點擊設置路徑（如果點不開，可能是第一次點開，點開不了。點擊附近的布局圖標。以后都是點開設置路徑）
5.單擊“添加並包含子文件夾”
6.找到timesat壓縮包解壓的文件夾路徑
單擊timesat-matlab文件夾
單擊選擇文件夾
7.安裝成功如下：
8.命令行窗口輸入 TIMESAT （大寫）
9.enter后打開TimeSat軟件，進入主界面如下，主要分數據准備、數據處理和后續處理三個模塊
注：為了方便使用該軟件，可將工作空間定位到當前目錄，點擊TIMESAT主菜單File→Preference進行設置（建議不更改路徑），如下圖所示
二、TimeSat 3.1軟件的使用和說明詳解
接觸過TimeSat，由於該方面資料一直很少，當時時間緊，沒辦法只好換了條路進行。做過或參與某件事的因該比較清楚，當有目標或任務驅動的時候學東西掌握最快。由於現在不接觸這方面，所以暫時只能提供這些東西，但一直願與大家一起補充。因為受ArcGIS 幫助文檔的啟發。從官網上下載了TimeSat的軟件使用手冊（因為官網是英文，如果嫌麻煩。為了便於下載，也可直接使用本文提供的下載方式。但使用手冊是全英的）以及官網舉例的常問問題（已做漢譯）。想具體了解TimeSat 軟件而又不清楚如何下手的，個人建議可以看看使用手冊，但是是全英的，對於一部分人可能不友好。
1.TimeSat軟件使用手冊下載
3.3版軟件手冊：
Eklundh，L.和Jönsson，P.，2017年，TIMESAT 3.3，具有季節性趨勢分解和並行處理功能-軟件手冊。隆德大學，第92頁。
[ PDF版本] 鏈接: https://pan.baidu.com/s/1uYXp4GLmQO9q0DEzLqvoxw 提取碼: msmx
3.2版軟件手冊：
Eklundh，L.和Jönsson，P.，2012年，具有並行處理功能的TIMESAT 3.2-軟件手冊。隆德大學，第88頁。
[ PDF版本] 鏈接: https://pan.baidu.com/s/1jfpGSQfl9BY2vDO-lbd3Hg 提取碼: wu3k
3.1版軟件手冊：
Eklundh，L.和Jönsson，P.，2012年，TIMESAT 3.1-軟件手冊。隆德大學，第82頁。
[ PDF版本] 鏈接: https://pan.baidu.com/s/1lVWIzhoD9vRLsNzwBW7G2A 提取碼: pywt
2.常問問題
為什么TIMESAT 3.1.1不能與Matlab 2014b一起使用？
Matlab 2014b進行了許多更改，使TIMESAT 3.1.1成為可能。與該版本不兼容。它們在版本3.2中已修復。
支持哪些平台和操作系統？
TIMESAT 3.2是在Windows 7（64位）和Linux CentOS（64位）下與Matlab 2012b和2014b一起開發的。TIMESAT 3.1是在Windows XP（32位）和Linux CentOS（64位）下在Matlab R2010b上開發的。Fortran程序是使用Intel Fortran並行工作室XE 2011編譯的。
3.2、3.1、3.0和2.3版之間的主要變化是什么？
有關詳細信息，請參見“軟件版本”下的文本。
如何將圖像轉換為適合TIMESAT的格式？
這是一個常見問題，但是我們沒有能力維護來自不同圖像處理或GIS軟件包的格式轉換信息。相反，我們選擇使用最通用的格式類型，即平面二進制文件，大多數軟件包都支持這種格式。有關更多信息，請參見“文件格式”下的文本。
我的時間序列中缺少一些數據-我仍然可以運行TIMESAT嗎？
TIMESAT每年需要相等數量的數據文件（如果ASCII文件中的數據等於數據值的數量）。如果某個日期缺少圖像，則必須為此日期添加一個圖像，其中包含每個像素缺失數據的代碼（例如-999）。運行TIMESAT時，將指定數據范圍，以排除該丟失的值。從ASCII文件運行時，可以將丟失的數據值僅添加到正確位置的數據值列表中。TIMESAT使用最小二乘擬合，可以應對時間序列中一定數量的缺失數據值。但是，如果遇到太多丟失的數據值，則處理將跳至下一個像素。
我有兩年的數據，但是從TIMESAT的輸出中只能得到一個季節？
TIMESAT產生的季節總是比數據年少。這是因為一個日歷年可能並不總是包含一個完整的生長季節（例如，如果該季節開始於12月而結束於10月）。TIMESAT將開始處理遇到的第一個完整季節，一直持續到數據集結束為止，並生成n-1個季節。如果用戶要處理某一特定年份，則必須在今年兩邊都添加數據。因此，至少需要三年的數據才能確保生成中期的物候綜合圖。如果在要處理的時間段之前和之后的幾年中都沒有數據文件，我們建議用戶復制數據的第一年和最后幾年，並在時間序列中添加第一和最后一個。我們在新用戶手冊中添加了一個部分來闡明這一點。
使用seas2img處理TIMESAT輸出時，為什么會得到僅包含丟失數據的大區域？
如果您未指定足夠寬的時間間隔以包括seas2img中的整個生長季節，則可能會發生這種情況。間隔有時需要非常寬，可能跨越一年半。嘗試擴大間隔，看看是否獲得了所有區域的數據。另一個原因可能是原始數據太嘈雜，以至於TIMESAT無法識別您所在地區的任何有意義的地震。您可以通過在seas2img中設置單獨的缺失值代碼來區分這些情況。
TIMESAT是否可以在所有操作系統和Matlab版本上運行？
不，請參閱上面的支持的操作系統。我們尚未系統地測試Windows和Matlab的其他組合。但是，不同的語言版本似乎存在一些問題。不幸的是，我們沒有能力解決這些問題。
使用Matlab編譯器運行時（MCR）執行TIMESAT時發生錯誤。
一些用戶報告了TIMESAT MCR版本的問題。我們無法回答其中大多數問題，但是，有時我們會從用戶那里得到有用的提示。
Antoine Denis報告了以下內容：
MCR已安裝確定，但是在啟動TIMESAT.exe時出現以下消息：
“錯誤：無法訪問MCR組件緩存。”
組件緩存是位於以下目錄中的文件夾：“ C：\ Users \ username \ AppData \ Local \ Temp \ username \ mcrCache7.14”，並且由於某些原因可能會損壞。Denise建議以下內容：
轉到目錄“ C：\ Users \用戶名\ AppData \ Local \ Temp \用戶名\ mcrCache7.14”。
簡單地給一個新名稱，如“old_mcrCache7.14”中的“mcrCache7.14”文件夾
上按一下啟動“TIMESAT.exe”（文件夾中的“... \ TIMESAT \ timesat311_standalone_windows32 \ timesat311 \編譯\的Win32）”
這會自動將在目錄“ C：\ Users \ username \ AppData \ Local \ Temp \ username \ mcrCache7.14”中重新創建一個有效的“ mcrCache7.14”文件夾。
TIMESAT現在應該正常打開了。