SVTyper是lumpy推薦的處理結果vcf文件的軟件，
它的工作原理的使用貝葉斯算法計算出基因型
軟件運行環境：
python2.7
電腦安裝了python3的同學，建議搭建一個python2虛擬環境
我這里使用miniconda創建：
conda create -n Python2.7 python=2.7
軟件下載：
pip2 install git+https://github.com/hall-lab/svtyper.git
軟件運行：
請注意該軟件需要的是sort過，並且有index的bam文件，所以我們要把數據預先處理一下
samtools sort HD786.bam -o HD786.sorted.bam samtools index HD786.sorted.bam
正式分析：
svtyper \ > -B HD786.sorted.bam \ > -l HD786.sorted.bam.json svtyper \ > -i HD786_tumor.vcf \ > -B HD786.sorted.bam \ > -l HD786.sorted.bam.json > HD786.sorted.bam.gt.vcf