SVTyper是lumpy推荐的处理结果vcf文件的软件，
它的工作原理的使用贝叶斯算法计算出基因型
软件运行环境：
python2.7
电脑安装了python3的同学，建议搭建一个python2虚拟环境
我这里使用miniconda创建：
conda create -n Python2.7 python=2.7
软件下载：
pip2 install git+https://github.com/hall-lab/svtyper.git
软件运行：
请注意该软件需要的是sort过，并且有index的bam文件，所以我们要把数据预先处理一下
samtools sort HD786.bam -o HD786.sorted.bam samtools index HD786.sorted.bam
正式分析：
svtyper \ > -B HD786.sorted.bam \ > -l HD786.sorted.bam.json svtyper \ > -i HD786_tumor.vcf \ > -B HD786.sorted.bam \ > -l HD786.sorted.bam.json > HD786.sorted.bam.gt.vcf