R語言實現定性資料的秩和檢驗


介紹

定性資料比如等級,毒性,應答等,可以以具有分級的因子的形式表示,比如(+ ++, +++),分別對應因子的1,2,3種水平,這樣不同組樣本只要看這些數據的等級的排列是否一致就可以判斷這兩個群體的分布是否有差異(秩和檢驗)。

數據

比如數據如下
我們這里想要知道A、B處理毒性是否有差異

代碼

library(data.table) 
setwd("/我的文檔/project/test")

dt <- fread("example.tsv") #讀入文件,這里用fread依賴data.table包,也可以用read.table
dt$分組 <- factor(dt$分組)  # 分組轉變成因子
dt$毒性 <- as.numeric(factor(dt$毒性))  #定性資料轉變成因后再轉成可以計算的數字

# 進行檢驗計算p值和zscore
pvalue <- wilcox.test(毒性 ~ 分組, data = dt)$p.value
zscore <-  qnorm(pvalue/2)   # 默認wilcox雙尾檢驗所以要除以2,如果你wilcox做的是單尾檢驗,這里不用除以2
print(zscore)

參考資料

https://stats.stackexchange.com/questions/330129/how-to-get-the-z-score-in-wilcox-test-in-r


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