Origin 9.0 為圖形和數據分析提供多種窗口類型。這些窗口包括Origin 多工作表工作簿(Workbooks)窗口、多工作表矩陣(Matrix)窗口、繪圖窗口(Graph)、Function graphs窗口、Excel工作簿窗口、版面布局設計窗口、記事本窗口。
在日常操作中，最重要的是 Workbooks 數據表窗口(用於導入、組織和變換數據)和Graph圖形窗口(用於作圖和擬合分析)。而一個項目文件中的各窗口是相互關聯的，可以實現數據的實時更新。當工作表中的數據被改動之后，其變化能立即反映到其他窗口中去，比如當工作表格窗口中數據發生變化，那么繪圖窗口中所繪數據點可以立即得到更新。
工作簿(Workbooks)是Origin 最基本的子窗口，其主要的功能是組織處理輸入、存放和組織Origin中的數據，並利用這些數據進行導入、錄入、轉換、統計和分析，最終將數據用於作圖。Origin中的圖形除特殊情況外，圖形與數據具有一一對應的關系。
運行Origin后看到的第一個窗口就是Workbooks窗口。每個工作簿中的工作表可以多達121個，而每個工作表最多支持100萬行和1萬列的數據，每個列可以設置合適的數據類型和加以注釋說明，如圖1所示。
默認的標題是 Book1，通過鼠標右鍵單擊project Explorer（在view中）標題欄中選擇 Rename 命令可將其重命名。工作表窗口最上邊一行為標題欄，A、B、C和D等是數列的名稱，X和Y是數列的屬性。其中，X表示該列的自變量，Y表示該列的因變量。
通過鼠標左鍵雙擊數列的標題欄，可以打開“Column Properties”對話框改變這些設置，可以在表頭加入名稱、單位、備注或其他特性。
工作表中的數據可直接輸入，也可以從外部文件中導入或者通過編輯公式換算獲得，最后通過選取工作表中的列完成繪圖。
例如，按照圖中所示在工作表輸入數據並設置數列的屬性，然后選中 A(X)、B(Y)列數據，在二維繪圖工具欄中單擊“Line+Symbol”按鈕
，則會出現如圖2所示的二維線圖。
Graph是Origin中最重要的窗口，相當於圖形編輯器，是把實驗數據轉變成科學圖形並進行分析的空間，用於圖形的繪制和修改。
繪圖(Graph)窗口共有60多種作圖類型可以選擇，以適應不同領域的特殊作圖要求，也可以很方便地定制圖形模塊。
一個圖形窗口是由一個或者多個圖層(Layer)組成，默認的圖形窗口擁有第1 個圖層，每一個繪圖窗口都對應着一個可編輯的頁面，可包含多個圖層，還有多個軸、注釋及數據標注等多個圖形對象。圖1 所示為一個具有4個圖層的典型繪圖窗口。
以Line+Symbol為例簡述作圖過程：
1、首先選擇Worksheet(假設數據表中有4個列的數據)，然后選擇Line+Symbol作圖類型(直接在工具欄選擇按鈕
或者打開Plot菜單選擇)。
2、在彈出的Plot Setup 對話框中進行如下設置，如圖2所示。即將X 下的方框選中表示將A列定位x軸，即自變量，其余列定為y軸，作為因變量。
3、單擊OK按鈕生成圖形。由於有1個x值、3個y值，因此得到的圖中有3組曲線，如圖3所示。
Graph 窗口默認名稱為 Graph 1，同樣通過Rename 命令可以進行重命名。右上角的圖例說明了曲線與各組數據的相對應關系，本例中用點線圖顯示各組曲線，也可以改成其他樣式，如Line(直線)型、Scatter(散點)型等，對點、線的大小、顏色、形狀等屬性也可重新設定。
系統默認只顯示左和下兩坐標軸，右和上的兩坐標軸可在屬性對話框中修改使之呈現，通過雙擊坐標軸可重新設定可得大小、間隔、精密度等，坐標軸名稱也可雙擊進行修改。
多工作表矩陣(Matrix)窗口與Origin中多工作表工作簿相同，多工作表矩陣窗口也可以由多個矩陣數據表構成，是一種用來組織和存放數據的窗口。當新建一個多工作矩陣窗口時，默認矩陣窗口和工作表格分別以“MBook1”和“MSheet1”命名。
矩陣數據表沒有顯示x、y數值，而是用特定的行和列來表示與x和y坐標軸對應的z值，可用來繪制等高線、3D圖和三維表面圖等。
其列標題和行標題分別用對應的數字表示，通過Matrix 菜單下的命令可以進行矩陣的相關運算，如轉置、求逆等，也可以通過矩陣窗口直接輸出各種三維圖。
Origin有多個將工作表轉變為矩陣的方法，如在工作表被激活時，選取菜單命令，執行菜單命令Worksheet→Convert to Matrix，如圖1和圖2所示。
Origin9.0中的版面布局設計(Layout page)窗口是用來將繪出的圖形和工作簿結合起來進行展示的窗口。當需要在版面布局設計窗口展示圖形和工作簿時，通過執行菜單命令 File→New→Layout 命令，如圖1所示；或單擊標准工具欄中按鈕
，在該項目文件中新建一個版面布局設計窗口，在改版面布局設計窗口中添加圖形和工作簿等。
在版面布局設計窗口里，工作簿、圖形和其他文本都是特定的對象，除不能進行編輯外，可進行添加、移動、改變大小等操作。用戶通過對圖形位置進行排列，可使之自定義版面布局設計窗口，以 PDF 等格式輸出。圖2所示為已具有圖形、工作簿和文字的典型版面設計窗口。
由於Excel軟件的廣泛應用，因此Origin使用了內嵌的方式提供對Excel電子表格數據的支持。在Origin中使用作圖幾乎與使用自身的Workbooks進行作圖一樣方便，如圖1所示。
在Origin 中通過新建或打開表，激活Excel Workbook 后，菜單欄同時出現Excel 和Origin 的命令。因此菜單包括了Excel 和Origin 的功能，大大方便了與辦公軟件的數據交換，相關用法將在后面進行詳細的討論。
記事本窗口是Origin用於記錄用戶使用過程中的文本信息，它可以用於記錄分析過程，與其他用戶交換信息。
與Windows的記事本類似，其結果可以單獨保存，也可以保存在項目文件里。單擊標准工具欄中按鈕
，則可以新建一個“Notes”記事本窗口，如圖1所示。
用於繪制函數圖像，在file-new-function plot可以繪制二維，三維的函數以及參數函數功能類似於matlab的funtool工具箱，但是funtool只能繪制二維函數圖像。
