長末端重復序列（long terminal repeated，LTR）：反轉錄病毒的基因組的兩端各有一個長末端重復序列(5'—LTR和3'—LTR)，不編碼蛋白質，但含有啟動子，增強子等調控元件，病毒基因組內的LTR可轉移到細胞原癌基因鄰近處，使這些原癌基因在LTR強啟動子和增強子的作用下被激活，將正常細胞轉化為癌細胞。
結構見下圖
圖中TSD表示target site duplications，紅色三角表示LTR motif。A圖是一個完整的LTR結構，其中a,b,c是LTR_retriever的分析目標。
第一步，用LTR_FINDER找到基因組的LTR序列
~/opt/biosoft/LTR_Finder/source/ltr_finder -D 20000 -d 1000 -L 700 -l 100 -p 20 -C -M 0.9 Athaliana.fa >Athaliana.finder.scn
這里的-D表示5'和3'LTR之間的最大距離，-d表示5'和3'LTR之間的最小距離，-L表示5'和3'LTR序列的最大長度，-l表示5'和3'LTR序列的最小長度，-p表示完全匹配配對的最小長度，-C表示檢測中心粒(centriole)刪除高度重復區域，-M表示最小的LTR相似度。如果不知道怎么設置就采用默認值。
第二步運行LTR_retriever根據LTR_FINDER的輸出識別LTR-RT，生成非冗余LTR-RT文庫，可用於基因組注釋
~/opt/biosoft/LTR_retriever/LTR_retriever -threads 4 -genome Athaliana.fa -infinder Athaliana.finder.scn
這里的-infinder表示輸入來自於LTR_FINDER，這一步會調用RepeatMasker，而RepeatMasker要求序列ID長度不大於50個字符
參考來源：
https://xuzhougeng.blog.csdn.net/article/details/102804330