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今天，為大家帶來一個在線網站datamonkey，可以同時檢測支系、基因、位點的選擇壓力。
datamonkey網址：http://www.datamonkey.org/
網站長這樣：
該網站接受三種輸入模式，分別為NEXUS、PHYLIP、FASTA。
另外要注意的是：輸入文件不接受包含終止密碼子的序列文件、不接受不被3整除的序列文件。
因此分析之前需要先處理好文件，滿足網站的要求，不然后續分析，很糟心。
下面一一解釋怎么進行各項檢測。
1 支系的選擇壓力檢測
支系的選擇壓力包括兩方面，一個是支系的正向選擇壓力檢測，一個是支系的選擇壓力變化趨勢。分別對應着網站的“episodic”和“relaxed”。
支系的正向選擇壓力檢測“episodic”用到的方法是aBSREL (adaptive Branch-Site Random Effects Likelihood)，采用的是“支系-位點”模型，用大白話說就是用這個方法檢測某個支系是否受到正向選擇。
支系的選擇壓力變化趨勢檢測“relaxed”，可以檢測某個支系的選擇壓力變化，是得到放松或者增強。
與“episodic”的區別在於，“relaxed”是用來檢測支系的選擇壓力變化趨勢，而“episodic”是用來檢測支系是否受到正向選擇。
如果想檢測支系是否受到正向選擇，就得采用該網站的“episodic”選項。
2 基因的選擇壓力檢測
基因的選擇壓力檢測用到的方法是BUSTED (Branch-site Unrestricted Statistical Test for Episodic Diversification)
這個方法可以檢測選定的支系在基因水平上是否經歷了正向選擇。
3 位點的選擇壓力檢測
位點的選擇壓力檢測有幾個方法，分別是MEME (Mixed EffectsModel of Evolution)、FEL (Fixed EffectsLikelihood) uses a maximum-likelihood (ML) 、FUBAR (Fast, UnconstrainedBayesian AppRoximation)、SLAC (Single-Likelihood Ancestor Counting) 。
每種方法有其各自的優點和局限性。因此進行位點的選擇壓力檢測的時候，需要結合多種方法進行考量。
這幾個方法中，MEME方法檢測出正向選擇的位點數量是最多的，SLAC檢測出的數量是最少的。
4 各個方法的詳細介紹
各個方法的詳細介紹參見鏈接：http://www.datamonkey.org/analyses
今天就講到這，祝各位學有所成~