barplot3d|聖誕節送你一個mutation signature搭建的“樂高”

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上次通過deconstructSigs|探尋cosmic的獨特“氣質”-mutation signature ！學會了如何利用deconstructSigs-R包進行mutation signature分析。

在文章最后利用每個樣本的96種三鹼基類型在最后繪制了柱形圖，本文利用同樣的數據繪制樂高圖，下圖為文獻插圖

 

 

 

一 mutation signature分析

快速實現mutation signature分析，得到每個樣本的三鹼基序列結果，詳細參數詳見deconstructSigs|探尋cosmic的獨特“氣質”-mutation signature ！

library(deconstructSigs)
#查看數據
head(sample.mut.ref)
# Convert to deconstructSigs input
sigs.input <- mut.to.sigs.input(mut.ref = sample.mut.ref,
                               sample.id = "Sample",
                               chr = "chr",
                               pos = "pos",
                               ref = "ref",
                               alt = "alt")
​
# Determine the signatures contributing to the example sample1
sample_1 = whichSignatures(tumor.ref = sigs.input,
                          signatures.ref = signatures.cosmic,
                          sample.id = 1,
                          contexts.needed = TRUE,
                          tri.counts.method = 'default')
​
#輸出tumor的三鹼基序列百分比
sample_1$tumor

 

二 搭“樂高”

利用上部分得到的三鹼基序列比例進行繪制：

需要注意的自己的數據與COSMIC數據的順序要相同 ！

library(barplot3d)
# Read in COSMIC signature probabilities
x=system.file("extdata", "signature_probabilities.txt", package = "barplot3d")
sigdata=read.table(x,header=TRUE,stringsAsFactors = FALSE)
# 輸入文件的順序必須與此一致
cat(sigdata$Somatic_mutation_type,sep="\n")
​
#使用自己的數據繪制樂高圖
legoplot3d(contextdata=sample_1$tumor,labels=FALSE,scalexy=0.03)
​

#參數調整
legoplot3d(contextdata=sample_1$tumor,labels=FALSE,scalexy=0.01,sixcolors="broad",alpha=0.4)

scalexy：適當調整獲得適當縮放的圖像；

alpha：柱子的透明度；

sixcolors：默認顏色與Sanger的signature一致，可以設置為原始的Broad Institute顏色，也可以其他6種顏色。

 

對了，圖是3D的，可以自己轉，，，

 

參考資料：

A mutational signature associated with alcohol consumption and prognostically significantly mutated driver genes in esophageal squamous cell carcinoma

https://cran.r-project.org/web/packages/barplot3d/vignettes/barplot3d.html

 

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