gromacs2018使用踩坑記--insert-molecules

1]

gmx插入分子[ -f  [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -ci  [<.gro / .g96 / ...>] ] 
             [ -ip  [<.dat>] ] [ - n  [<.ndx>] ] [ -o  [<.gro / .g96 / ...>] ] 
             [ -replace  <選擇> ] [ -sf  <文件> ] [ -selrpos  <枚舉> ] 
             [ -box  < vector> ] [ -nmol  <int> ] [ -try  <int> ] [ -seed  <int> ] 
             [ -radius  <真實> ] [-scale  <real> ] [ -dr  <vector> ] 
             [ -rot  <enum> ]

描述

gmx insert-molecules插入輸入文件中-nmol指定的系統的副本-ci。插入發生在給出的溶質構象的空白空間中-f，或者發生在給出的空盒中-box。同時指定-f 和的-box行為類似於-f，但是在插入之前在溶質周圍放置一個新框。存在的任何速度都將被丟棄。

也可以插入溶劑化構型並用插入的原子代替溶劑原子。為此，用於 -replace指定標識可被替換原子的選擇。該工具假定此選擇中的所有分子均由單個殘基組成：與該插入分子重疊的該選擇中的每個殘基都將被去除，而不是阻止插入。

默認情況下，插入位置是隨機的（初始種子由指定-seed）。程序反復進行，直到-nmol 分子已插入框中。如果存在的原子與所插入分子的任何原子之間的距離小於兩個原子的范德華半徑之和，則不插入分子。vdwradii.dat程序讀取范德華半徑的數據庫（），並且將所得到的半徑縮放為-scale。如果在數據庫中未找到半徑，則將這些原子分配給（預先縮放的）距離-radius。

放棄之前，總共進行了-nmol*次-try插入嘗試。-try如果您要填補幾個小漏洞，請增加。Option -rot指定插入分子在插入嘗試之前是否隨機取向。

或者，分子只能插入在position.dat（-ip）中定義的位置。該文件應具有3列（x，y，z），該列給出與輸入分子位置（-ci）相比較的位移。因此，如果該文件應包含絕對位置，則在使用之前（例如，來自gmx editconf），分子必須以（0,0,0）為中心 。該文件中以＃開頭的注釋將被忽略。選項 定義了插入試驗期間的最大允許位移。 並以默認模式運行（請參見上文）。gmx insert-molecules -center-dr-try-rot

選項

指定輸入文件的選項：

-f  [<.gro / .g96 /…>]（protein.gro）（可選）

現有的配置插入到： GRO  G96  PDB  BRK耳鼻喉科ESP  TPR

-ci  [<.gro / .g96 /…>]（insert.gro）

配置插入： GRO  G96  PDB  BRK耳鼻喉科ESP  TPR

-ip  [<.dat>]（positions.dat）（可選）

預定義的插入試驗位置

-n  [<.ndx>]（index.ndx）（可選）

額外索引組

指定輸出文件的選項：

-o  [<.gro / .g96 /…>]（out.gro）

插入后的輸出配置： gro  g96  pdb  brk ent esp

其他選項：

-replace  <選擇>

重疊時可以去除的原子

-sf  <文件>

提供文件中的選擇

-selrpos  <枚舉>（原子）

選擇參考位置：atom，res_com，res_cog，mol_com，mol_cog，whole_res_com，whole_res_cog，whole_mol_com，whole_mol_cog，part_res_com，part_res_cog，part_mol_com，part_mol_cog，dyn_res_com，dyn_res_cog，dyndres_comg，dyn_res_cog，

-box  <向量>（0 0 0）

包裝盒尺寸（單位：nm）

-nmol  <int>（0）

要插入的額外分子數

-try  <int>（10）

嘗試插入 -nmol 倍 -try 倍

-seed  <int>（0）

隨機生成器種子（0表示生成）

-radius  <真實>（0.105）

默認范德華距離

-scale  <真實>（0.57）

在share / gromacs / top / vdwradii.dat中從數據庫乘以范德華半徑的比例因子。默認值為0.57，則水中蛋白質的密度接近1000 g / l。

-dr  <向量>（0 0 0）

允許從 -ip 文件位置以x / y / z位移

-rot  <枚舉>（xyz）

隨機旋轉插入的分子：xyz，z，無

2] genbox-->insert-molecules && solvate

OLD:

genbox -cp box.gro -ci met.gro -nmol 299 -o in.gro

genbox -cp em-vac.gro -cs spc216.gro -p fws.top -o fws-b4ion.gro

NEW:

gmx insert-molecules -ci melamine_GMX.gro -nmol 5 -box 5.5 5.5 5.5 -o box.gro 　　;insert **.gro into a  Blank box

gmx_mpi insert-molecules -f box.gro -ci met.gro -nmol 299 -o in.gro  　　;insert **.gro into an existing box

gmx solvate -cp em-vac.gro -cs spc216.gro -p fws.top -o fws-b4ion.gro