gromacs2018使用踩坑記--grompp 為啥要用-r

1.

GMX grompp 

概要

gmx grompp [ -f  [<.mdp>] ] [ -c  [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -r  [<.gro / .g96 / ...>] ]
           [ -rb  [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -n  [<.ndx>] ] [ -p  [<.top>] ]
           [ -t  [<.trr / .cpt / ...>] ] [ -e  [<.edr>] ]
           [ -ref  [<.trr / .cpt / ...>] ] [ -po  [<.mdp>] ] [ -pp  [<.top>] ]
           [ -o  [< .tpr  >] ] [ -imd [<.gro>] ] [ -[no] v ] [ -time  <real> ]
           [ -[no] rmvsbds ] [ -maxwarn  <int> ] [ -[no]零 ] [ -[no] renum ]

描述

gmx grompp（gromacs預處理程序）讀取分子拓撲文件，檢查文件的有效性，將拓撲結構從分子描述擴展為原子描述。拓撲文件包含有關分子類型和分子數量的信息，預處理器會根據需要復制每個分子。對分子類型的數量沒有限制。鍵和鍵角可以分別轉換為氫和重原子的約束。然后，讀取坐標文件，並且可以根據需要從麥克斯韋分布中生成速度。 還讀取gmx mdrun的參數gmx grompp （例如，MD步數，時間步長，截止值）以及諸如NEMD參數之類的其他參數進行了校正，以使凈加速度為零。最終生成一個二進制文件，該文件可用作MD程序的唯一輸入文件。

gmx grompp使用拓撲文件中的原子名稱。-c僅當坐標文件（選項）中的原子名稱與拓撲中的原子名稱不匹配時，才會讀取它們以生成警告。請注意，原子名稱與仿真無關，因為僅原子類型用於生成交互參數。

gmx grompp 使用內置的預處理程序來解析包含，宏等。預處理程序支持以下關鍵字：

#ifdef VARIABLE 
#ifndef VARIABLE #else #endif #define VARIABLE #undef VARIABLE #include“ filename” #include <文件名> 

通過在.mdp文件中使用以下兩個標志，可以調制拓撲中這些語句的功能：

定義 = - DVARIABLE1 - DVARIABLE2 包括 = - 我/ 家/ 約翰/ DOE 

有關更多信息，C編程教科書可能會對您有所幫助。指定該-pp標志將寫出預處理的拓撲文件，以便您可以驗證其內容。

使用位置約束時，必須提供具有約束坐標的文件-r（可以與提供的文件相同-c）。對於自由能計算，可以為B拓撲提供單獨的參考坐標-rb，否則它們將與A拓撲的參考坐標相等。

起始坐標可以使用來從軌跡中讀取-t。除非使用該-time選項，否則將讀取具有坐標和速度的最后一幀。僅當缺少此信息時，才會-c使用文件中的坐標。請注意， 在.mdp文件中時，將不會使用這些速度。可以提供能量文件 以讀取Nose-Hoover和/或Parrinello-Rahman耦合變量。gen_vel = yes-e

gmx grompp可以通過僅提供帶有的檢查點文件來重新啟動仿真（保留連續性）-t。但是，對於僅更改運行步驟數以擴展運行的情況，使用gmx convert-tpr比方便得多。然后，您可以直接提供舊檢查點文件來GMX mdrun 用。如果您想更改整體或輸出頻率之類的東西，建議將檢查點文件 與一起提供，同時提供新的.mdp文件。實際上，如果可能的話，仍然需要保留集成體，但仍需要將檢查點文件傳遞給gmx mdrun。gmx grompp-cpigmx grompp-t-f -cpi

默認情況下，將刪除由於虛擬站點構建而具有恆定能量的所有綁定交互。如果該恆定能量不為零，則將導致總能量的偏移。所有綁定的交互都可以通過關閉來保持-rmvsbds。此外，由於虛擬站點的構造，所有對於距離的約束都將保持不變。如果仍然存在涉及虛擬站點的約束，則將導致致命錯誤。

要驗證您的運行輸入文件，請注意屏幕上的所有警告，並在必要時進行更正。還要查看mdout.mdp文件的內容；它包含注釋行以及已讀的輸入。如有疑問，您可以從 該選項開始，該選項將在一個名為（帶有實際調試信息）的文件中提供更多信息。您可以使用gmx轉儲 程序查看運行輸入文件的內容。gmx check可用於比較兩個運行輸入文件的內容。gmx gromppgmx grompp-debuggrompp.log

該-maxwarn選項可用於替代由該輸出停止打印的警告。在某些情況下，警告是無害的，但通常不是。建議用戶在嘗試使用此選項繞過輸出消息之前，先仔細解釋它們。gmx grompp

選項

指定輸入文件的選項：

-f  [<.mdp>]（grompp.mdp）

帶MD參數的grompp輸入文件

-c  [<.gro / .g96 /…>]（conf.gro）

結構文件： GRO  G96  PDB  BRK耳鼻喉科ESP  TPR

-r  [<.gro / .g96 /…>]（restraint.gro）（可選）

結構文件： GRO  G96  PDB  BRK耳鼻喉科ESP  TPR

-rb  [<.gro / .g96 /…>]（restraint.gro）（可選）

結構文件： GRO  G96  PDB  BRK耳鼻喉科ESP  TPR

-n  [<.ndx>]（index.ndx）（可選）

索引文件

-p  [<.top>]（topol.top）

拓撲文件

-t  [<.trr / .cpt /…>]（traj.trr）（可選）

全精度軌跡： trr  cpt  tng

-e  [<.edr>]（ener.edr）（可選）

能量文件

用於指定輸入/輸出文件的選項：

-ref  [<.trr / .cpt /…>]（rotref.trr）（可選）

全精度軌跡： trr  cpt  tng

指定輸出文件的選項：

-po  [<.mdp>]（mdout.mdp）

帶MD參數的grompp輸入文件

-pp  [<.top>]（processed.top）（可選）

拓撲文件

-o  [<.tpr>]（topol.tpr）

可移植的xdr運行輸入文件

-imd  [<.gro>]（imdgroup.gro）（可選）

Gromos-87格式的坐標文件

其他選項：

-[no]v  （沒有）

大聲吵鬧

-time  <真實>（-1）

在此時間或之后先取框。

-[no]rmvsbds  （是）

刪除與虛擬站點的恆定綁定交互

-maxwarn  <int>（0）

輸入處理期間允許的警告數。不能正常使用，可能會產生不穩定的系統

-[no]zero  （沒有）

將綁定交互的參數設置為無默認值而不是零，而不產生錯誤

-[no]renum  （是）

重新編號原子類型並最小化原子類型數目