1、到github上下載最新版本
https://github.com/abyzovlab/CNVnator/releases
2、先看INSTALL文件，要求以下依賴，我的機器上已經安裝了前兩個，所以直接跳過，這里我就不提了
GNU make
C compiler (e.g. gcc or clang)
CERN ROOT (https://root.cern.ch)
samtools with HTSlib
GNU readline library
3、先編譯samtools和htslib，因為需要用的samtools中的一些 .h 的文件，因此需要下載包含源文件的samtools，下載鏈接：
http://www.htslib.org/download/ ，此時我下載的是 1.9 ，下載之后放到一個目錄下，
解壓
有文章說編譯samtools之前一定要確定安裝 ncurses* ，這個我也不確定是不是必須的，反正我安裝了下：
參考：https://www.codetd.com/article/6237849
yum -y install ncurses*
然后開始安裝samtools ， make ，如果沒有Makefile 文件，則先編譯 ./configure
然后 cd htslib-1.9
make ，如果沒有Makefile 文件，則先 ./configure
很重要的一步，把samtools目錄 軟連接到CNVnator解壓后的src目錄中
ln -s /path/to/samtools samtools
samtools安裝好之后的目錄內容如下：
4、安裝ROOT ，下載鏈接：https://root.cern.ch/content/release-61800 ，我下載的是這個：
我習慣按照如下目錄結構存放軟件，6.18.00是解壓后的文件夾重命名的（以版本號命名，方便之后區分版本），平級目錄創建一個build文件夾
/share/biosoft/root_software_toolkit/
├── 6.18.00
└── build
進入build 文件夾
cmake ../6.18.00
cmake --build . ## 這一步時間有些長，可以回家前執行上，第二天再繼續后邊的操作
完事之后，將 build/bin 添加到環境變量中，將 build/lib 添加到 LD_LIBRARY_PATH ，直接執行這個就可以了：
. build/bin/thisroot.sh
然后可以輸入 root ，檢查是不是安裝正常了，如下圖表示成功：
5、安裝 GNU readline library
yum install readline-devel
開始安裝CNVnator ，
cd CNVnator_v0.4.1/src
make 如果報錯，就執行：make LIBS="-lcrypto"
出現cnvnator 這個可執行文件，說明安裝成功啦！
注意：前邊編譯包的時候可能提示缺少 fftw-devel ，libxml2-devel ，都用 yum 安裝即可
參考的其他文章：