安裝R-package XML遇到的問題和解決方式
這個問題已經困擾了我很久很久一直找不到解決之法，后來終於找到了！
Fedora 27, R 3.5.0, libxml和libxml2以及開發包均已安裝和更新，系統另有anacoda3。
遇到的問題：
直接在R下
>install.packages(“XML”) 並選擇CRAN鏡像后，出現安裝錯誤，提示庫版本不一致問題
（原錯誤已遺失，貼出來自 https://stackoverflow.com/questions/37035088/unable-to-install-r-package-due-to-xml-dependency-mismatch 的網友問題 ）
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/XML_3.98-1.4.tar.gz'Content type 'application/x-gzip' length 1599214 bytes (1.5 MB)==================================================downloaded 1.5 MB* installing *source* package ‘XML’ ...** package ‘XML’ successfully unpacked and MD5 sums checkedchecking for gcc... gcc checking for C compiler default output file name... a.outchecking whether the C compiler works... yes checking whether we are cross compiling... nochecking for suffix of executables... checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc accepts -g... yes checking for gcc option to accept ISO C89... none needed checking how to run the C preprocessor... gcc -E checking for sed... /usr/local/Library/ENV/4.3/sed checking for pkg-config... /usr/local/bin/pkg-config checking for xml2-config... /Users/richiethomas/anaconda/bin/xml2-config USE_XML2 = yes SED_EXTENDED_ARG: -EMinor 9, Patch 2 for 2.9.2Located parser file -I/Users/richiethomas/anaconda/include/libxml2/parser.hChecking for 1.8: -I/Users/richiethomas/anaconda/include/libxml2Using libxml2.*checking for gzopen in -lz... yes checking for xmlParseFile in -lxml2... yesYou are trying to use a version 2.* edition of libxml but an incompatible library. The header files and library seem to be mismatched. If you have specified LIBXML_INCDIR, make certain to also specify an appropriate LIBXML_LIBDIR if the libxml2 library is not in the defaultdirectories.ERROR: configuration failed for package ‘XML’* removing ‘/usr/local/lib/R/3.2/site-library/XML’
按照 https://forums.fedoraforum.org/showthread.php?315915-can-not-install-xml-package-in-R 的提示，這應該是由於 “it looks from your output that R was looking for libxml-1.8 headers but found the libxml2 headers instead” 的關系，於是按照錯誤提示，系統目前默認從libxml2目錄（anacoda3中的libxml2目錄）中查找對應文件導致無法順利編譯，而解決方案應為將LIBXML_INCDIR以及LIBXML_DIR指定為libxml-1.8的對應目錄，而為了以后python的使用着想，不建議采用鏈接題主所用的直接刪除anacoda3的方式。
為了確認這一點，首先在terminal里：
$ xml2-config --cflags
輸出結果為（根據不同用戶習慣anaconda安裝路徑不同）：
-I/data/home/heshuai/anaconda3/include/libxml2 -I/data/home/heshuai/anaconda3/include
而
$ locate xml2-config
則輸出
/usr/bin/xml2-config
/usr/share/man/man1/xml2-config.1.gz
所以需要在安裝XML的過程中（本人也只嘗試了第二條），
1） 或者在.bashrc中將LIBXML_INCDIR設置為
$ /usr/bin/xml2-config --cflag的輸出目錄 （https://support.bioconductor.org/p/1639/），
再完成后續安裝 （作者本人未嘗試）；
2） 或者參考https://stackoverflow.com/questions/40682615/cannot-install-xml-package-in-r/48355121#48355121 的第一條回答，
進入R，
>Sys.setenv(XML_CONFIG="/usr/bin/xml2-config") #指定安裝時libxml2的目錄
>install.packages("XML")
問題解決。
雖然網上有教程用conda install r-xml
但是conda對應的最新版本是 linux-64 v3.98_1.19，並不是最新的包， 而RCRAN 上的最新版本是 v3.98_1.2。因此， 即使用conda 安裝了1.19，在安裝其它包的時候仍然會提示更新XML，依然會出現上述問題。建議大家采用上述解決方案安裝最新版本的XML包。
http://blog.sciencenet.cn/blog-773206-1155793.html