1. 安裝R包時,我一般采用兩種方法:
方法1:
install.packages("xxx");
方法2:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("readr")
即便用這兩種方法,仍然會出現問題“無法打開URL'https://mirrors.eliteu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES',無法打開URL'https://mirrors.eliteu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'的問題。
參考鏈接https://stackoverflow.com/questions/25721884/how-should-i-deal-with-package-xxx-is-not-available-for-r-version-x-y-z-wa,給出了一個方法: install.packages('xxx',repos='http://cran.us.r-project.org')。我嘗試了此方法,it`s worked!
該鏈接中有對這種錯誤的詳細解釋,有時間的時候再詳細看看。
也可參考:https://www.haktansuren.com/installing-r-package-fixing-package-xxx-is-not-available-for-r-version-x-y-z-warning/
方法3:
執行install.packages('BiocManager'),安裝BiocManager。
問題:執行BiocManager::install('clusterProfiler'),出現error: 'BiocParallel' did not register default BiocParallelParams:
解決:
remove.packages("BiocInstaller")
BiocManager::install('BiocParallel')
參考網址中的方法:source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 或者biocLite("devtools"),都執行失敗。
我理解,現在安裝R包,應該用BiocManager了。用之前的方法不好用了。所以,我用BiocManager重新安裝BiocParallel后,OK。
還提示dplyr包版本低的問題,用BiocManager重新安裝給包后,問題解決。
原因:
注意事項:
在ws01機器上安裝的該R包。ASUS機器提示有問題。
參考資料:
https://support.bioconductor.org/p/95306/
ASUS機器上,安裝GSVA包,方法: