解決:安裝R包時,經常提示“package ‘readr’ is not available (for R version 3.5.1)”的問題


    1. 安裝R包時,我一般采用兩種方法:

  方法1:

     install.packages("xxx");

  方法2:

    source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("readr")

即便用這兩種方法,仍然會出現問題“無法打開URL'https://mirrors.eliteu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES',無法打開URL'https://mirrors.eliteu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'的問題。

    參考鏈接https://stackoverflow.com/questions/25721884/how-should-i-deal-with-package-xxx-is-not-available-for-r-version-x-y-z-wa,給出了一個方法: install.packages('xxx',repos='http://cran.us.r-project.org')。我嘗試了此方法,it`s worked!

    該鏈接中有對這種錯誤的詳細解釋,有時間的時候再詳細看看。

 

也可參考:https://www.haktansuren.com/installing-r-package-fixing-package-xxx-is-not-available-for-r-version-x-y-z-warning/

 

  方法3:

    執行install.packages('BiocManager'),安裝BiocManager。

 

    問題:執行BiocManager::install('clusterProfiler'),出現error: 'BiocParallel' did not register default BiocParallelParams:

    解決:

      remove.packages("BiocInstaller")

      BiocManager::install('BiocParallel')

      參考網址中的方法:source("https://bioconductor.org/biocLite.R")   或者biocLite("devtools"),都執行失敗。

      我理解,現在安裝R包,應該用BiocManager了。用之前的方法不好用了。所以,我用BiocManager重新安裝BiocParallel后,OK。

 

      還提示dplyr包版本低的問題,用BiocManager重新安裝給包后,問題解決。

    原因:

    注意事項:

      在ws01機器上安裝的該R包。ASUS機器提示有問題。

        

    參考資料:

      https://support.bioconductor.org/p/95306/

 

ASUS機器上,安裝GSVA包,方法:

      

 


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