1. 安装R包时,我一般采用两种方法:
方法1:
install.packages("xxx");
方法2:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("readr")
即便用这两种方法,仍然会出现问题“无法打开URL'https://mirrors.eliteu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES',无法打开URL'https://mirrors.eliteu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'的问题。
参考链接https://stackoverflow.com/questions/25721884/how-should-i-deal-with-package-xxx-is-not-available-for-r-version-x-y-z-wa,给出了一个方法: install.packages('xxx',repos='http://cran.us.r-project.org')。我尝试了此方法,it`s worked!
该链接中有对这种错误的详细解释,有时间的时候再详细看看。
也可参考:https://www.haktansuren.com/installing-r-package-fixing-package-xxx-is-not-available-for-r-version-x-y-z-warning/
方法3:
执行install.packages('BiocManager'),安装BiocManager。
问题:执行BiocManager::install('clusterProfiler'),出现error: 'BiocParallel' did not register default BiocParallelParams:
解决:
remove.packages("BiocInstaller")
BiocManager::install('BiocParallel')
参考网址中的方法:source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 或者biocLite("devtools"),都执行失败。
我理解,现在安装R包,应该用BiocManager了。用之前的方法不好用了。所以,我用BiocManager重新安装BiocParallel后,OK。
还提示dplyr包版本低的问题,用BiocManager重新安装给包后,问题解决。
原因:
注意事项:
在ws01机器上安装的该R包。ASUS机器提示有问题。
参考资料:
https://support.bioconductor.org/p/95306/
ASUS机器上,安装GSVA包,方法: