前言
這是代謝組學數據分析的一個R包，包括用於代謝組學數據分析、可視化和功能注釋等眾多功能。最近有同事在集群中搭建蛋白和代謝流程，安裝這個包出現了問題，於是我折騰了一上午。
這個包的介紹在：https://github.com/xia-lab/MetaboAnalystR，安裝確實還比較復雜，依賴的東西太多太多。廢話不多說，記錄下安裝歷程。
安裝過程
首先最好是已經安裝了自己的R版本（非root），比如我的是R-3.5.2。然后進入R中，依照文檔給的順序依次安裝：
第一步：安裝依賴包
install.packages("pacman")
library(pacman)
pacman::p_load(Rserve, ellipse, scatterplot3d, Cairo, randomForest, caTools, e1071, som, impute, pcaMethods, RJSONIO, ROCR, globaltest, GlobalAncova, Rgraphviz, preprocessCore, genefilter, pheatmap, SSPA, sva, Rcpp, pROC, data.table, limma, car, fitdistrplus, lars, Hmisc, magrittr, methods, xtable, pls, caret, lattice, igraph, gplots, KEGGgraph, reshape, RColorBrewer, tibble, siggenes, plotly, xcms, CAMERA, fgsea, MSnbase, BiocParallel, metap, reshape2, scales)
這里很耗時，慢慢等吧。也不會盯着它看哪一步有么有報錯。
第二步：安裝困難
# Step 1: Install devtools
install.packages("devtools")
library(devtools)
### For users with devtools > v2.0.0 ###
# Step 2: Install MetaboAnalystR without documentation
devtools::install_github("xia-lab/MetaboAnalystR", build = TRUE, build_opts = c("--no-resave-data", "--no-manual", "--no-build-vignettes"))
繼續慢慢等吧，等着報錯吧。。。果不其然，出現以下錯誤：
說沒有安裝xcms, CAMERA, MSnbase等R包，那就一個個裝唄。
又出現一堆錯誤，總而言之，缺少的那些包都依賴於這個ncdf4這個R包，那就繼續裝吧。
直接裝報錯，按它提示，用R CMD INSTALL --configure-args="--with-nc-config=/home/joe/bin/nc-config" ncdf4也不行，原因是沒有安裝nc-config，Linux環境中which nc-config，是找不到的，說明我的環境中確實沒有安裝這玩意。
於是我去查了下這究竟是個什么玩意。NetCDF全稱為network Common Data Format，中文譯法為“網絡通用數據格式”，這是一種文件格式的標准。netcdf文件開始的目的是用於存儲氣象科學中的數據，現在已經成為許多數據采集軟件的生成文件的格式。
這其實是一個庫，包括C，C++，Java等等，下載網址：https://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/index.jsp
文件很小，好像還不太好下下來，我搭了個梯子到美國才下下來，下的是這一個：
經驗告訴我們，非root直接在Linux中源碼安裝沒那么順利：
cd netcdf-c-4.7.0
./configure --prefix=/your/path/
make check
make install
用不到三板斧，安裝就已經報錯了，具體什么的我找不到了，大概就是缺少什么什么庫。
網上查了些資料，說是netcdf依賴zlib和hdf5，前者我已經安裝了，指定路徑就行，后者也是一個用於存儲和分發科學數據的一種自我描述、多對象文件格式的軟件。ok，那就先安裝hdf5吧（https://support.hdfgroup.org/HDF5/），我裝的是最新的這個：
三板斧繼續：
cd hdf5-1.10.5
./configure --with-zlib=/zlib/path --prefix=/hdf5/path -enable-fortran -enable-cxx
make check
make install
#PS. hdf5也是依賴zlib庫的，所以必須要指定--with-zlib=/zlib/path，否則會報錯相關庫文件找不到。
成功安裝后，接下來安裝netcdf：
CPPFLAGS=-I/hdf5/path/include LDFLAGS=-L/hdf5/path/lib ./configure --prefix=/netcdf/path --enable-netcdf-4 --enable-largefile --disable-dap
make check
make install
#PS. 必須指定CPPFLAGS=-I/hdf5/path//include LDFLAGS=-L/hdf5/path/lib，否則報錯提示相關文件找不到
這兩個軟件都要裝很久很久，尤其是check那一步，需要耐心，最后終於搞定！
安裝成功后，安裝路徑下會有4個文件夾，如下圖，忙活這么多，就只為了這個nc-config文件。我們只是臨時用一下這個破玩意，就不添加到環境變量了。
第三步：正式安裝
直接`install.packages("ncdf4")是不行的（我也不知道為什么，因為指定不了nc-config吧），於是下載源碼安裝：
R CMD INSTALL ncdf4_1.13.tar.gz --configure-args="--with-nc-config=/netcdf/path/bin/nc-config"
至此，xcms、CAMERA、MSnbase等依賴的ncdf4包安裝成功，下面就暢通無阻，將缺少的依賴包全部裝上。最后
devtools::install_github("xia-lab/MetaboAnalystR", build = TRUE, build_opts = c("--no-resave-data", "--no-manual", "--no-build-vignettes"))
安裝成功！
Ref:https://blog.csdn.net/laomai/article/details/1740747
https://blog.csdn.net/Mrhiuser/article/details/69603826
https://www.jianshu.com/p/90ecc0580bd1