一、流程：
1.定義好每個原子力場類型：Edit Sets（分組）
2.加H（一般是僅與Al-O八面體中的Al相連的O原子）、給H分組
3.“make P1”、校核化學式（正確與否）
4.擴成超晶胞（Na-mmt：4*1*1，Ca-mmt：4*2*1，illite：2*1*1，由化學式而定）
5.置換陽離子：
mmt：模型中每 32 個 Si 4+有 1 個被 Al 3+ 取代，每 8 個 Al 3+ 有 1 個被 Mg 2+ 取代，因此晶格取代產生的層電荷為-0.75e/元胞，由層間
Na + 離 子 平 衡 。 建 立 的 蒙 脫 石 的 分 子 式 為 ：Na 0.75 (Si 7.75 Al 0.25 )(Al 3.5 Mg 0.5 )O 20 (OH) 4 。
4a*b*c：Na 3 (Si 31 Al )(Al 14 Mg 2 )O 80 (OH) 16；所以，要用1個Al（at）去取代1個Si（st），注意，這里是四面體中的Al（at），不是八面體中的Al（ao）；
以及2個Mg（mgo）去取代八面體中的2個Al（ao）。
Mg置換Al-O八面體的Al,與Mg相連的ob——obos（4個），oh——ohs（2個）；
Al置換Si-O四面體的Si，與Al相連的ob——obts（3個）。
層間陽離子：直接改，隨機充填在層間域中（包括水分子）
6.調整c值（可以在左下角設置，先選盒子）、擴胞：根據實際需求來調整。
0——0.96nm（0個水分子）；
1——1.25（32個水分子）；
2——1.53（64個水分子）；
3——1.85（96個水分子）；
4——2.1（144個水分子）。
7.優化
8.計算
(進入工作目錄kao
cd kao/
msi2lmp.exe kao -class I -frc clayff -i -ignore > out.log
生成后kao文件夾會有data生成，可檢查一下data力場對不對，不對的話檢查一下frc_files里面的clayff.frc參數准不准。)
9.打開putty，輸入：
source /opt/software/impi/mpivars.sh （注意：只有source后邊是有空格，其他的沒有空格）
mpirun -np 4 lmp_mpi < in.elastic（計算文件名，如：mmt422.in）
(4代表4核，也可以選擇8,10等)
ssh node02 回車（進入新服務器）
10.輸入計算命令：
lmp_mkl < xxx.in > xxx.out (后部分的out文金價可以不生成出來)