R語言的biomod2安裝與使用


biomod2 是做生態學使用的,該領域的應該都知道的,不知道的也不用安裝的了,所以沒有什么介紹的

1,windows下的在這里就不多介紹了,install.packages("biomod2"),該安裝的都會依賴安裝的沒有什么好介紹的,下面主要介紹一下Linux安裝

2,由於window運算變量太少,速度慢,下面我就來詳細介紹一下Linux安裝:

        (a)系統版本,Centos 7,R 3.5.1

     (b)install.packages("biomod2")安裝不成功很正常的,看下面的截圖

      (c) 根據提示依次安裝slam,tm,maxent這個沒有障礙

    (d)當這三個包都安裝好了,請看下面截圖

 

   (e)提示xml2安裝失敗了,不要急這僅僅是個開始!

真正等着等着你的坑還在后面呢?哈哈哈

           安裝xml2卻發現了,發現了,發現了新的問題?什么?又有問題了,對的,是,請看截圖

          安裝好了 ,截圖找不到了,不要擔心我這里有記錄,請看這里,提示是libicuicul8n.so找不到,這是神馬?

          這是個庫,請find  / -name "libicuicul8n.so" 找到后添加到環境變量,請看下面,請看這里:

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/path/to/it/

這樣在安裝xml2就ok 了,神馬?你認為這么就完事了?

   然后在安裝xml2,biomod2應該是沒有什么問題

   (f)我處理的是tif文件,還需要安裝rgdal ,不然安裝好了biomod2也無法使用,

          關於rgdal的安裝請參看這里:  http://bioinformatics-liuz.cn/2018/01/%E5%AE%89%E8%A3%85r%E5%8C%85rgdal/

          要安裝rgdal 需要安裝proj和gdal這兩個軟件是處理圖形的,上面坐着的那個鏈接講的很詳細了,我就不多說了,但是由於

         系統的不同,軟件版本的更新,有些問題作者遇見了,我沒有遇見,我遇見了作者沒有遇見

       

 

  這個問題困擾了我很久,我以為是proj的問題,所以我卸載后又安裝,安裝又更新。。。。。循環往復的NNNN次,依然error ......

不要找下面出現錯誤的原因,要按上面來找,最后可以發現是庫沒有找到 。

ln -s /usr/local/lib/libproj.so.13 /usr/lib/libproj.so.13  把庫加到lib下

最后把lib目錄加載到環境變量中

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib:/usr/lib:/usr/lib64 

 

 

 

 

 到此,一切OK !

    

 


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