在百度知道上看到的回答覺得不錯：https://zhidao.baidu.com/question/1692690545668784588.html
如果你認為jdk是系統提供給你可選的程序，放在opt里
如果你認為這是你個人行為，自主安裝的，放在usr/local里，具體是usr/local/lib
如果你覺得jdk對你來說是必不可少的運行庫，放在lib里
上面三句是最開始的想法，
其實我也想找出一個最佳實踐，后來看了看linux的目錄結構，發現就算是同一個東西，系統自帶和你手動安裝，就不應該在同一個目錄里。同樣是瀏覽器，系統自帶的firefox就在/usr/lib里，而后來通過軟件包安裝的chrome就在/opt里。
如果系統自帶java，我覺得他會在lib里或者/usr/lib，看它對java的定義是必需的庫還是
如果能在軟件管理器里安裝，那么會安裝在/usr/lib
如果oracle給你的是deb，那么會被安裝在opt
所以自己安裝，就要放在/usr/local/lib里比較合適了
另附兩個關於Linux目錄的對比說明
http://blog.51cto.com/mystery888/1835223
聽完馬哥的Linux培訓關於Linux文件系統及文件類型，有一個疑惑，同樣是存放第三方應用程序的安裝位置，/opt跟/usr/local 有何區別，為什么存在兩個相同功能的地方，讓人混淆呢。帶着這個問題，我尋找了資料，原來Linux的結構是這樣的。
/usr/local下一般是你安裝軟件的目錄，這個目錄就相當於在windows下的programefiles這個目錄
/opt這個目錄是一些大型軟件的安裝目錄，或者是一些服務程序的安裝目錄
/opt
Here’s where optional stuff is put. Trying out the latest Firefox beta? Install it to /opt where you can delete it without affecting other settings. Programs in here usually live inside a single folder whick contains all of their data, libraries, etc.
/opt這里主要存放那些可選的程序。你想嘗試最新的firefox測試版嗎?那就裝到/opt目錄下吧，這樣，當你嘗試完，想刪掉firefox的時候，你就可 以直接刪除它，而不影響系統其他任何設置。安裝到/opt目錄下的程序，它所有的數據、庫文件等等都是放在同個目錄下面。
舉個例子：剛才裝的測試版firefox，就可以裝到/opt/firefox_beta目錄下，/opt/firefox_beta目錄下面就包含了運 行firefox所需要的所有文件、庫、數據等等。要刪除firefox的時候，你只需刪除/opt/firefox_beta目錄即可，非常簡單。
/usr/local
This is where most manually installed (ie. outside of your package manager) software goes. It has the same structure as /usr. It is a good idea to leave /usr to your package manager and put any custom scripts and things into /usr/local, since nothing important normally lives in /usr/local.
/usr/local這里主要存放那些手動安裝的軟件，即 不是通過“新立得”或apt-get安裝的軟件。
它和/usr目錄具有相類似的目錄結構。
讓軟件包管理器來管理/usr目錄，而把自定義的腳本(scripts)放到/usr/local目錄下面，我想這應該是個不錯的主意。
PS:新立得（Synaptic）是Debian和Ubuntu Linux操作系統的包管理工具apt的圖形化前端。它結合了圖形界面的簡單操作和 apt-get 命令行工具的強大功能
什么？看完還是不夠深刻？那結合Windows作對比，簡單通俗點說：
Linux 的軟件安裝目錄是也是有講究的，理解這一點，在對系統管理是有益的
/usr：系統級的目錄，可以理解為C:/Windows/，/usr/lib理解為C:/Windows/System32。/usr/local：用戶級的程序目錄，可以理解為C:/Progrem Files/。用戶自己編譯的軟件默認會安裝到這個目錄下。/opt：用戶級的程序目錄，可以理解為D:/Software，opt有可選的意思，這里可以用於放置第三方大型軟件（或游戲），當你不需要時，直接rm -rf掉即可。在硬盤容量不夠時，也可將/opt單獨掛載到其他磁盤上使用。源碼放哪里？
/usr/src：系統級的源碼目錄。/usr/local/src：用戶級的源碼目錄。
https://docs.huihoo.com/lfs/blfs-1.0/introduction/position.html
應該把程序安裝在 /usr還是 /usr/local?
對於一個以LFS為基礎的系統來說，這是一個沒有明確答案的問題。
在傳統的unix系統中，/usr通常只包含系統發行時自帶的程序，而/usr/local則是本地系統管理員用來自由添加程序的目錄。這里有一條嚴厲而牢固的規則：除非在里面創建目錄，unix發行版不得使用/usr/local 。
對於Linux發行版，如 RedHat， Debian 等等，一個可能的規定是：/usr目錄只能由發行版的軟件包管理工具負責管理，而對/usr/local卻沒有這樣做。正是因為采用這種方式，軟件包管理工具的數據庫才能知道在/usr目錄內的每一個文件。
LFS的用戶是自己建立系統的，所以能自己決定系統文件和用戶文件的放置方式。因此，應該按照有利於系統管理員使用的方式作出選擇。這里有幾個把文件安裝到/usr或者是/usr/local的理由：
如果網絡上的計算機都運行LFS或者是混合使用LFS和其它linux發行版，所有連網計算機共用的軟件應該安裝在/usr/local內。這樣可以通過NFS文件系統共享該目錄或者從一個服務器上鏡象過來。此時local表示本地服務器提供軟件。
如果網絡上的計算機都運行同樣的LFS系統，/usr/local應該安裝各台計算機之間不相同的軟件。這時local表示本地計算機提供軟件。
如果你在一台計算機上同時安裝了幾個linux發行版，並希望在某個目錄存放它們共享的軟件，這時/usr/local目錄就能發揮作用了。
或者你想要經常重建LFS系統，但又希望把不想每次重復編譯的軟件存放在某處，你也可以把軟件安裝在/usr/local目錄。這樣你就可以在不丟失數據的情況下刪去LFS系統並從一個干凈的分區重新開始。
一些人會問為什么不使用你自己的目錄樹，也就是使用/usr/site 而不是 /usr/local?
沒有什么能阻止你，確實可以在很多地方創建自己的目錄樹，但這使安裝新軟件更加麻煩。自動化的安裝程序通常要到/usr或/usr/local目錄下尋找所依賴的文件，如果要找的文件不在/usr目錄里面，除非你指定目錄讓安裝程序查找所依賴的文件，安裝可能會失敗。
那么在BLFS中軟件的安裝位置在那里？
除非特別聲明，所有BLFS中的軟件都安裝在/usr目錄下。也有一些文件被放在/usr/local目錄下，但它們只是文檔並且有足夠的理由這樣做。這些例外的情況都會在本書中得到很好的說明，如果發現有不對的地方，請告訴我們！